“我想死在阿根廷。”然而，心急如焚的格瓦拉，在革命还没开始时，就与玻共貌合神离。失败，从一开始就在冥冥中留下了伏笔。
在布拉格的日子里，格瓦拉比任何时候都要想念家乡，一次，他对埃斯特拉达说：“如果要死，我也希望死在阿根廷的土地上。”
反思刚果的教训，他觉得对非洲的情况不了解，无法带领一群文化背景和意识形态格格不入的黑人战斗，是他失败的主要原因，痛定思痛，他重新把视野转回拉美。在格瓦拉看来，玻利维亚正是一个适合他大展身手的地方。
在拉美，玻利维亚只是个不受人注意的小国，可是这个国家的人都相当热衷政治，时有起义发生，而领导人更是像走马灯一样换个不停。老百姓的日子过得很苦，它的锡矿出口被美国的三大公司垄断，矿工的收入却仅够温饱。1952年，打着民族主义旗号的律师埃斯登索罗当选总统，他将锡矿收归国有，又搞了场土改，农民有了自己的土地。1956年副总统西莱斯上任，通货膨胀日益严重。4年后，埃斯登索罗再度上台，工会领袖胡安·莱钦任副总统，此时埃斯登索罗的政策发生了急剧转变，重新伸手向美国要援助，莱钦于是退出政府，建立了左翼的民族主义革命党。1964年，美国空军军官学校出身的巴里恩托斯当上总统，他上台的第一件事就是镇压工人和学生运动，包括莱钦在内的150名进步人士被捕或被流放。
格瓦拉认为，革命在玻利维亚将会拥有广泛的群众基础，农民和矿工将会自然而然地声援他领导的游击队。同时，比起语言不通的非洲，他和他的弟兄们完全可以与当地的战士们打成一片。玻利维亚的地理条件优越，毗邻秘鲁、智利、阿根廷、巴拉圭、巴西等国，他相信，凭借他和他训练起来的战士们，足以将安第斯山脉变成马埃斯特腊山，当玻利维亚的革命之火被他们点燃，他们就可以一路打下去，将革命输出到拉美各国，自然，他的祖国阿根廷也将经他之手，转变为光荣的社会主义国家。
格瓦拉实在是太乐观了，他没有意识到，玻利维亚人虽然三天两头起义斗争，但针对的往往不是残暴的反动政权，矿工经常会在得到了一个稍稍满意的工资承诺后，就放弃武装斗争；而村民们更是“窝里斗”的典范，很多个村子都着迷于互相斗殴、争夺地盘。同时他也没有意识到，如果斗争无法争取到玻利维亚反政府力量的广泛支持，他必定会陷入孤军作战的境地。
3月，到达布拉格没多久，格瓦拉就派他的保镖马丁内斯·塔马约（帕皮）前往玻利维亚，命令他尽快物色一批战士。这些战士将以曾在哈瓦那受到过训练的玻利维亚共产主义战士为主，同时也包括参加了秘鲁革命的战士，虽说由于革命失败，他们做了逃兵，可毕竟训练有素，随时可以再参加战斗。帕皮很快找到了玻利维亚共产党中央委员因蒂和他曾去过苏联与古巴的弟弟科科，同时与几年前就已经奉命在玻利维亚进行秘密工作的塔玛拉接上了头。
传说塔玛拉是个来自东德、年轻漂亮的女孩，早在1964年10月，她就接到格瓦拉的命令前往玻利维亚。她化名为劳拉·马丁内兹，声称自己是历史学家兼业余作家，大摇大摆地进入玻利维亚的拉巴斯。漂亮的姑娘到哪儿都会受到欢迎，很快她就成为电台节目主持人，打入了玻利维亚的上流社会，与政府的高官攀上了交情，甚至连总统都以认识她为荣。一次，总统特意邀请她参加一场宴会，在介绍她时，还特别提及，“劳拉是我的好朋友。”不久，她与大学生马利奥结婚，取得了玻国国籍。有人怀疑她与格瓦拉之间有过一段情，是否真有这么一回事，已经不重要，但可以看出，塔玛拉对革命相当热诚，她成了格瓦拉埋伏在玻利维亚的一个最重要的眼线，在秘密工作中，人们叫她“塔尼娅”。
1966年7月10日，格瓦拉的两名保镖——刚果游击战中始终在他身边的阿里·比列加斯上尉（化名庞博）和卡洛斯·柯埃略中尉（化名图马）也前往拉巴斯，他们奉命在玻国的一处僻静地方买下一个庄园或农场，作为日后的训练基地。按照格瓦拉的庞大计划，在这里，他将为拉美各国训练精兵强将，成为革命的大本营。庞博和图马在玻利维亚转了一圈，在南部靠近阿根廷的地方买了一个庄园，庄园取名为“卡拉米那”。庞博这个大个子，考虑起问题来还是很周到，挑选这个地方，他认为好处在于人烟稀少且旁边油井很多，只要切断通向智利和美国的输油管，就将造成巨大的国际影响。惟一的坏处在于，离这里3公里的地方还住着一户人家，叫西罗·阿尔加尼亚拉斯，而且此人来头不小，曾经当过卡米里市的市长。
卡斯特罗在此时，曾经与玻共第一书记马里奥·蒙赫进行过一次秘密碰头，卡斯特罗要求玻共支持“某一个人”在玻利维亚打游击。蒙赫派了4个人前往古巴受训，可是对于帮助“某一个人”的事情，他显得并不热衷。他的首要原则，是要保持对革命的绝对领导权，绝不能让古巴人跑到自己的国家里闹革命，同时，他认为革命的时机还不成熟，一切要等他发动一场大规模的起义后再说。心急如焚的格瓦拉，在革命还没开始时，就已经与玻共貌合神离。失败，已经在冥冥中留下了伏笔。
包括格瓦拉和对他忠心耿耿的老部下在内，17名古巴战士将要开赴玻利维亚。最后，只有3个人活着回到古巴。
1966年7月，格瓦拉回到了古巴。他始终认为卡斯特罗已经在政治上宣判了他的死刑。他不愿意回到古巴，可是又不得不承认，只有他自己训练出来的军人，才有可能在条件极端艰苦的玻利维亚，再创一次革命的奇迹。
他亲自挑选了15名战士，单从他们的头衔就可以发现，这是格瓦拉所能找到的最精锐的人马，其中包括5名少校（这是古巴的最高军衔）、7名上尉和5名中尉，而且格瓦拉对他们大多知根知底。
其中三人曾在格瓦拉担任部长期间在他身边工作，他们分别是马钦少校（化名“亚历山大”），此时担任工业部副部长；阿贝特·德奥卡少校（化名“帕乔”），时任矿业部主任；苏亚雷斯·加约尔中尉（绰号“黄毛”），任糖业部副部长。
另外有5人是古巴共产党中央委员会委员，包括胡安·阿库尼亚少校（化名“华金”）、安东尼奥·桑切斯少校（化名“马科斯”）、埃利塞奥·雷耶斯中尉（化名“罗兰多”）、奥兰多·潘托哈中尉（化名“安东尼奥”）、曼努埃尔·埃尔南德斯中尉（化名“米盖尔”，格瓦拉最早的老战友）。
其他人大部分都是格瓦拉的保镖或卫士，个个对他忠心耿耿，包括黑人“庞博”、“图马”、拉米雷斯（化名“贝尼尼奥”）和何塞·塔玛约（化名“里卡多”）。另外，伊斯雷尔·雷耶斯（化名“布劳略”）是劳尔·卡斯特罗的部下，也曾随格瓦拉去刚果。雷内·塔玛约（化名“阿图罗”）是前面提及的何塞·塔玛约的弟弟，直属于卡斯特罗的情报部门。只有一个人格瓦拉不是太熟悉，他是莱昂纳多·塔玛约（化名“乌尔瓦诺”）。之所以每个人都安上了一个化名，是因为他们认为这样做可以干扰敌人的视线。每个人都拿到了一本假护照，同时还有一个小册子，专门介绍自己的新身份和生活背景，大家都需要牢记在心。
几乎每个人都已在古巴身居领导职位，可是在这里接受训练时，他们又重新回到了一个普通战士的起点。格瓦拉并没有向他们交待将要接受的任务，每天他们要从早上5点训练到晚上11点，训练的内容包括射击、山地负重行军和跑步，同时还要上文化课，学习法语和凯楚阿土语——印第安人的通用语言。卡斯特罗每周都来视察一次，最喜欢在战士们赛跑时充当裁判，要么就假装是警察，反复审问战士们的证件，让他们交待虚构的人物履历。
格瓦拉偶尔也会来卡斯特罗的那一套把戏。8月初，战士们接到通知，要接受一个叫“拉蒙”的西班牙人的检阅。大伙儿暗自猜想，这个人想必就是他们行动的头头，所以列队时个个都显得很精神。没想到，走过来的不是一位穿着军服的军人，而是长相猥琐的商人“拉蒙”。眼前的这个人，穿着一套很时髦的西服，还打着领带、穿着一双油光可鉴的皮鞋。他已经完全谢顶，架着副很精巧的眼镜，嘴上叼着烟斗。战士们根本就瞧不起眼前的这个小资产阶级。
这个让人不喜欢的家伙走过来时，陪伴着他的古巴军人毕恭毕敬地问：“这就是我们的战士，您觉得怎么样？”拉蒙先生一脸不屑，说：“我觉得他们就是一群‘吃屎的’。”接着，他一脸不耐烦地与战士一一握手，大家都一肚子火，只好语带讥讽地说：“见到您真荣幸，拉蒙先生。”结果这个拉蒙又说了句：“我的看法还是没变，他们就是群‘吃屎的’。”
大家的拳头都捏得紧紧的，这时，“黄毛”突然惊叫起来：“我们真是笨蛋！他就是切！”斯斯文文的拉蒙先生戴上帽子遮住秃头，又拿下眼镜和烟斗，穿上军装，大家这才相信，眼前的人果然就是格瓦拉。这只是格瓦拉的一次试验，试验的结论是：情报部门找来的整形专家果然不赖，他连身边共事这么久的战士都能骗过去，应该不会遇到太大危险。
训练期间还有个小插曲。一天早上，一辆汽车突然来到了训练基地，传令兵通报说，格瓦拉的妻子阿莱伊达来了，就坐在车上。格瓦拉气得要命，因为前不久他还严令禁止手下的这群战士与家人告别，他坚决不让妻子下车，甚至不愿意走过去见她一面。好在这时卡斯特罗来了，打了个圆场，结果，所有人都和格瓦拉一样，特许与家人团聚5天。格瓦拉终于有机会回去看看他的几个孩子，分别是小阿莱伊达、卡米洛、塞莉亚和小埃内斯托，最大的6岁，最小的刚刚1岁。他不能见长女小伊尔达，因为这时她已经快11岁了，人们怕她会乱说话。即使是见亲生骨肉，格瓦拉还是不得不化装，妻子对孩子们说，这个人是爸爸的一位西班牙朋友，让他们喊他“拉蒙先生”。这是格瓦拉最后一次见到他的孩子们，可是，他却无法听孩子们亲口叫他“爸爸”。临走时，格瓦拉还交给妻子一卷录音带，录音带里，他为妻子朗诵了聂鲁达的20首爱情诗和一首悲痛欲绝的诗。
他的战士们终于知道了行动的计划，并且做好了牺牲的准备。包括格瓦拉在内，17名古巴战士将要开赴玻利维亚。最后，只有3个人活着回到古巴。
10年过去了，格瓦拉从一个外表俊秀、乐观活泼的青年，变成沉稳而又有些愤世嫉俗的中年人。母亲去世了，有5个孩子却不敢相认，出生入死的好友卡米洛早已失踪，而他当年视为兄长的卡斯特罗已与他生疏。有一点永远不会变：他仍然相信自己将会为南美乃至全世界，带来革命的火炬。
1966年11月7日，格瓦拉在他那本深红色封皮的大记事本里，写下一句话：“今天，一个新阶段开始了。”这不是格瓦拉一贯的文字风格，受到诸多南美诗人、尤其是聂鲁达的影响，他的日记往往热情洋溢。
距离1956年11月“格拉玛号”启航，到现在，整整10年过去了，格瓦拉已经从往日那个外表俊秀、乐观活泼的青年，变成了一个沉稳而又有些愤世嫉俗的中年人。母亲去世了，有5个孩子却不敢相认，出生入死的好友卡米洛早已失踪，而他当年视为兄长的卡斯特罗却已经与他生疏，刚果革命失败的阴影更让他每每从噩梦中惊醒。可是，有一点永远不会变：他仍然相信自己将会为南美乃至全世界，带来革命的火炬。
这一天，格瓦拉在卫兵庞博和图马的陪伴下，进入了他们位于玻利维亚卡拉米那的战斗基地。几天后，古巴战士们也趁着深夜，分批来到了这里。虽然已经相当注意，可他们还是引起芳邻阿尔加尼亚拉斯的注意。前市长认定这里成了制造可卡因的秘密工厂，一时半会儿，他还不敢惊动眼前这群“毒品贩子”。
基地几乎与世隔绝，最近的村庄离这儿也有30公里。基地里只有一间小小的铁皮屋，周围到处都是灌木丛，如果不带把砍刀贸然进入森林，肯定得吃皮肉之苦。古巴战士们刚刚到这里，就成了饥饿的小虫子们的目标。这段时间，翻开格瓦拉的日记，跃然纸上的尽是他对当地害虫们的咒骂。11月8日，他恨恨地写道，“这里有很多奇形怪状的小害虫，不是咬人，就是在人的皮下产卵，弄得奇痒难忍。”11月9日，他“从身上抓了6个扁虱之类的东西”。11月11日，格瓦拉在无奈之中，在吊床外又加上蚊帐（这是格瓦拉少校一个人的特权）。
格瓦拉做好了在这儿长期待下去的准备。很快，他与战士们把这里整修得很像那么一回事儿，搭建了基本设施，自己做了几条长凳和一张桌子，修了个厕所，将一部大型发报机藏在附近的山洞里，甚至还弄了个烘面包的烤炉。可是，他却没有做好战斗的准备，来基地不到一星期，庞博就建议他“练一下手艺”，偷袭玻利维亚军队的一处小军营，格瓦拉坚决制止，理由是“我们不能一开始就吃败仗”。
11月至12月间，格瓦拉兴奋地迎接一拨又一拨的新兵。11月27日，科科带来6名玻利维亚战士，包括他的哥哥因蒂，还有一名医学院的学生乌尔塔多，以及洛洛等人。12月初，5个秘鲁士兵加盟基地。这里越来越热闹，为了防止被邻居告密，他们挖了几条坑道，将一切可能引起麻烦的东西，比如护照、证件，甚至罐头食品都藏了起来。
人一多，管理起来就出现了种种问题。几个玻利维亚人最难缠，因为他们只服从玻共的命令。连格瓦拉的老下属也跟着起哄，帕乔和马科斯这两位少校，虽然本事确实很大，可是不服管教。
12月24日，战士们聚在一起，庆祝这个难得的平安夜，大家吃着烤肉，喝着烧酒，气氛很轻松，无线电收音机里传来了探戈舞曲。这时，格瓦拉做出了一个罕见的举动，庞博在日记里记下了这段小故事：“切拿起了一根一米长的木棍，跳起了探戈，我们一个个都笑倒在地。”在战士们的心目中，格瓦拉一直是个不苟言笑、甚至说话有些刻薄的人，“我们从来没见过他做这样的事。”格瓦拉还嫌场面不够热闹，“他从衣袋里掏出一张纸，开始念一首诗，最后一句诗是这样的，‘打倒淋病，青霉素万岁’。”当时，两名战士趁着还没打仗，竟然出去嫖妓，结果染上淋病，战士们原本都以为格瓦拉并不知道这件事。大伙儿一时有点紧张，可司令仍然一副高高兴兴的样子，大家松了一口气，和衣睡去。
“军事领导是我！”格瓦拉没有足够的思想准备：与玻共不欢而散将带来怎样严重的后果？他们将失去一切援助，无法得到战斗所必需的武器、药品和食品，所到之处，所有人都可能将他们当做敌人。
玻利维亚共产党与古巴的关系，可以说是互不信任。最大的分歧是武装斗争和领导权之争。1950年刚刚成立起来的玻共并不支持武装斗争，又不愿意得罪其他国家的共产党，所以采取相当圆滑的策略：不加入武装斗争的路线，认为这是“鲁莽”行为；可是如果其他国家共产党需要帮助，他们也会出钱出力，前提是不要在玻利维亚境内打仗。
对于格瓦拉的游击队，玻共第一书记蒙赫早就非常不满，最不能容忍的，是一群古巴人在自己的国家买土地、建立基地，他认为这是古巴人干涉内政的阴谋。因此虽然卡斯特罗始终在力促他与格瓦拉见面，可蒙赫却避而不见，借口要去莫斯科开会。
12月31日，两人才最终碰头。一见面，蒙赫提出了三点意见：第一，玻共不便参加游击队，但他本人可以辞去党中央第一书记的职务，加入战斗；第二，他愿意说服其他拉美国家共产党，对游击队给予支持；第三，只要战斗是在玻利维亚境内展开，他就要求取得政治和军事的双重领导权。
格瓦拉立刻感到这次的会谈将相当艰难，他对蒙赫提出的头两条意见不置可否，但对于游击队政治和军事领导权问题，他坚决不让步，毕竟蒙赫根本就没打过一次游击战，只在哈瓦那短期受训过，他对蒙赫表示：“军事领导是我，这一点绝不含糊。”谈判就此中断。第二天格瓦拉在日记中分析说：“我觉得他是抓住这一点不放，以此为借口断绝关系。”
蒙赫拂袖而去，临走时，他想让玻利维亚的战士们和他一同离开，甚至对他们危言耸听地说：“当人民知道这支游击队是由一个外国人领导的时候，他们就会翻脸，不再支持你们。你们尽可以英雄地死去，不要指望有朝一日能成功。”不过，玻利维亚人一个都没走，他们都责怪第一书记是“宗派主义”。晚上吃年夜饭，没有一个人愿意把饭盒借给蒙赫，最后还是古巴炊事兵解了围，将饭盒给了蒙赫，他自己却只能直接在锅里吃饭了。
格瓦拉并没有好好思考蒙赫所说的话。事实上，他没有意识到第一书记的话虽然太过教条，但至少有一半是对的：在这场战斗中，他必须认识到人民的力量，利用人民的民族情绪，否则，胜利的希望微乎其微。同时他也没有仔细想想，与玻共决裂将带来怎样严重的后果，他们将失去一切援助，无法得到战斗所必需的武器、药品和食品，所到之处，所有人都可能将他们当做敌人。
2月10日，农民奥诺拉托·罗哈斯用玉米招待战士们，格瓦拉坐在一截树干上，胡子头发都很长，叼着烟斗，脚上坐着罗哈斯的两个孩子。没有人想到6个月后，罗哈斯出卖了他们。
格瓦拉甚至觉得与玻共决裂算不上什么坏事，“蒙赫的态度可能延缓游击队的发展，但另一方面又可能是好事，可以使我从政治纠葛中解脱出来。”他在营地做好了打持久战的准备，与战士们一起开垦了一片小菜园，还建立了一个图书馆。可是这里的蚊虫实在太可怕，他们把1967年1月11命名为“扁虱日”，因为有六七个战士得了扁虱病，只能回家休养。疟疾在战士们中流行，格瓦拉也未能幸免。
1月18日，他们的芳邻阿尔加尼亚拉斯神神秘秘地跑过来，要和他们合伙经营海洛因生意，格瓦拉拒绝了他。却没有想到，这位曾经担任过市长的邻居其实是在刺探情报。第二天，警察就前来基地搜查，虽然没发现什么，但充当“户主”的洛洛的手枪却被没收了。
26日这天，又有两个玻利维亚人慕名而来。一个是矿工、玻共党员穆瓦塞·格瓦拉，在党内因为主张武装斗争而被孤立；另一个是19岁的哲学系女学生罗约拉·古斯曼，格瓦拉的崇拜者，格瓦拉让她负责游击队的财务工作。后来她在一篇文章中描述了与偶像初次见面时的情形，“我做梦都没想到，我竟然会见到切，他的面孔如梦如幻，几乎达到了理想境界。他看来谦虚朴素、和蔼可亲，虽然他的声望是那么高，可我却一点没觉得惶恐。”1967年9月，古斯曼不幸被捕，被关在一幢大楼里，她企图自杀，从四楼跳下来，竟然奇迹般地只受了点轻伤。
就这样，格瓦拉的队伍终于达到了40人，这是一支名副其实的国际部队，其中包括了古巴、玻利维亚、秘鲁和阿根廷人。2月1日，他决定进行一次侦察行军，目的是了解这个地区，与农民接触，重新训练他们的耐力，结果原定23天走完的路程，他们用了48天才走完，这次行军极大地动摇了队伍的士气、影响了他们的战斗力。很多战士都与他们的司令一样，有写日记的习惯，事后人们发现，所有人在这段时期的日记，都充满了痛苦甚至怨恨的情绪，再没有一个人看到希望。
这是一次对体能的无情挑战，布劳里奥（即雷耶斯中尉）在2月1日的日记里写道，“我们出发时总共25人，每人背五六十斤重的东西。”可是由于战备不足，行军到了第四天，所有人都已经疲惫不堪，格瓦拉在日记中写道：“队伍已经疲劳了，一路上太艰难，好几个人几乎是光着脚走路。我瘦了将近15斤。尽管有时背痛难忍，但我还能坚持正常行走。”
他们渡过了格兰德河，所有人都饥肠辘辘。2月10日，一个农民对战士们说，他愿意给大家一点玉米。这个人的名字要记下来，因为这个老实巴交的人，竟然会对革命产生重大影响，他叫奥诺拉托·罗哈斯。一张照片记录了游击战士们当时的境况，照片中，格瓦拉坐在一截树干上，胡子头发都很长，叼着烟斗，脚上坐着罗哈斯的两个孩子。格瓦拉没有想到，6个月后，罗哈斯出卖了他们。
没有补给，游击队员们成了猎人，路上捉到什么就吃什么，他们吃过孔雀、毒蛇、猴子、狐狸和各种鸟。由于饥饿，很多人的四肢浮肿，连鞋都没法穿上了。所有人，包括格瓦拉在内，都已经快挺不住了。1月23日，格瓦拉在日记中写道：“对我来说，今天是黑色的一天，我是咬着牙度过的，因为我感觉非常疲倦。爬到山顶时，我的脑袋一阵晕眩。”一些人变得脾气暴躁，两位古巴共产党中央委员，马科斯和帕乔，吵吵闹闹，后来竟然拿出刀子威胁对方。
2月15日这天，是他长女小伊尔达的11岁生日，这是他最心疼的孩子。1960年古巴革命成功后，孩子才得以回到父亲的怀抱，却又不得不离开生母伊尔达，多年来几乎见不到亲生父母。格瓦拉不能回去为女儿庆祝生日，晚上，当战士们都在休息时，他摸着黑给女儿写了封长信：
亲爱的小伊尔达：
我今天写这封信给你，你却要在很久以后才会收到。但我希望你知道我在惦念着你，希望你过一个非常快乐的生日。你应当知道，我正在遥远的地方，我将和你分开很久。我正在做的虽然不是什么了不起的事情，但毕竟也是尽力而为。我想，你是可以永远为你的父亲感到骄傲的，就如同我为你感到骄傲一样。
你要记住，今后斗争的岁月还长着呢，甚至在你长大成人以后，你也要为斗争做出贡献。你要做好准备，做一个优秀的革命者。你要争取成为学校最好的学生，在各方面都要比较好。要品性端正、严肃认真、热爱革命，与同志们好好相处。我在你那么大的时候，还没有做到这些。我是在另一个社会长大的，你呢，现在的条件很优越，生活在不同的时代里，因此你应当无愧于这个时代。
别忘记回家去看看弟弟妹妹们，勉励他们努力学习，教他们规规矩矩。特别要照顾小阿莱伊达，她是非常尊重你这个大姐姐的。
好吧，小姑娘，再一次祝福你幸福地度过这个生日。代我拥抱妈妈。接受我热烈的、紧紧的拥抱吧，以此来弥补我们今后不能相见的时光。
你的爸爸
对待同志，格瓦拉比平时还要严厉，他公开指责马科斯和帕乔，图马也被他批评，所有人都变得很消沉。战士们迷惘极了，甚至不知道自己为什么要战斗，只能靠着对格瓦拉的崇拜与信任，他们才有力气走下去。里卡多曾是格瓦拉在刚果时最坚定的追随者，可现在他私下里对庞博说：“庞博，领袖对我很不好。他犯了一个严重的错误，我来这里只是因为对他有承诺。我对他万死不辞，因为他是我们的导师，我们的领路人。”
30年后，阿拉尔孔（即贝尼格诺）回忆了当时的情形，他说：“我们互相询问对方，我们去那儿到底是要干什么？行军，在森林里盲无目的地走，不知道去哪里，也不知道前面有什么在等着我们。这一切究竟是为了什么？队伍里没有一个是出生在当地的玻利维亚人，为什么没有想到这里和我们在马埃斯特腊山打游击时完全不一样。”
3月20日，格瓦拉终于回到营地，这才发现他们苦心经营的基地已经暴露。留守的两个玻利维亚人竟然逃跑了，更糟糕的是，3月14日，他们正想卖掉武器时，被警察当场抓获，他们立刻就向警察提供了很多详尽的情报。在格瓦拉回来前三天，警察已经来到了基地，在这里发现了政治书籍和其他可疑物件。大家只好撤离到离这里两三小时路程以外的地方。
战斗伊始，美国人即向玻利维亚政府伸出援手，参加过越战、有充分反游击战经验的专家拉尔夫·W·谢尔通出任顾问，整个尼阿卡瓦苏河地区被政府军重重包围。而格瓦拉仍然乐观，甚至觉得事情正在向好的一方面发展。
在营地附近，格瓦拉意外地发现了塔尼娅——作为一个间谍，她本该舒舒服服地留在玻利维亚的上流圈子里，并且随时向格瓦拉通报政府的一举一动。与她一起的，还有阿根廷的西罗·布斯托斯、秘鲁的胡安·纳瓦罗，以及玻共的穆瓦塞·格瓦拉，他本来满口答应要带20名战士过来，结果只带了8个人，而且这些人根本就没接受过什么军事训练。
格瓦拉的情绪降到了最低点，面对着一个又一个挫败，他将怒火发泄在同志们身上，疲惫不堪的战士们觉得非常沮丧，很多人私下里谈论着切和这场战争，觉得自己已经没法再坚持下去了。格瓦拉又谴责塔尼娅，责怪她的行为太过轻率，命令她回去。塔尼娅含着泪说：“可是我要参加战斗。”格瓦拉又追问她，究竟是谁派她来的，塔尼娅回答：“我自己，我的革命良心。”但事实证明，塔尼娅的这一举动确实极大地破坏了革命，她从首都开来的吉普车没有藏好，3月24日被政府军找到，还在车上找到了她留下的一个背包，里面装满了文件、资料和通讯录，玻利维亚政府立刻通过电台报道了这条惊人的消息。格瓦拉也从收音机里听到了新闻。塔尼娅和基地曝光，政府军决定彻底消灭游击队。战争箭在弦上。
1967年3月23日，格瓦拉轻描淡写地在日记中提及，“军事行动的一天”。事实上，这是格瓦拉率领的军队，在玻利维亚打响的第一场战争。清晨，来此搜索的政府军被游击队伏击，6分钟里就迅速被消灭了7个人，伤6人，俘虏14人，其中有两个是军官。格瓦拉下令给受伤的俘虏包扎伤口，向他们宣传革命道理，然后把他们放走。两名被俘的军官供出政府军的清剿计划。格瓦拉开始做大战的准备，他清点了人数，队伍总共48人，其中17个古巴人，包括他自己和塔尼娅；还有3个秘鲁人，22个玻利维亚人，再加上1个法国记者德布雷，1个阿根廷人布斯托斯。另外有4个穆瓦塞·格瓦拉领来的玻利维亚人，他不客气地评价他们是“废人”，只配运送物资。这4个人后来都出卖了游击队。
3月28日，格瓦拉在日记里说：“我们被2000名敌军包围了，战线长120公里，在汽油弹的掩护下，包围圈渐渐缩小。”格瓦拉还不知道，玻利维亚政府已经向美国人请求援助，山姆大叔派来了一位参加过越战、有充分反游击战经验的专家拉尔夫·W·谢尔通做顾问，整个尼阿卡瓦苏河地区被政府军重重包围。
格瓦拉仍然乐观，在3月的小总结里，他甚至觉得事情正在向好的一面发展：“本月总的形势具有如下特点：这是一个彻底巩固和纯化游击队的阶段，是一个开始战斗的阶段，也是一个敌人开始反击的阶段。”
4月3日，格瓦拉把队伍分成三队：帕乔、科科等为前锋；塔尼娅、德布雷与切等人居中；华金和4个“废人”殿后。他们只有一台破旧的短波收音机，虽然能收听新闻，但没有发报机，与外界的联系完全中断。
4月10日，游击队又进行了一场战斗，政府军有1人死亡，3人受伤，6人被俘。游击队也付出了血的代价。古巴的“黄毛”牺牲了，他曾是糖业部副部长，古巴中央委员，在格瓦拉身边工作多年。格瓦拉没有流泪，只是反复向大家强调，“流的第一滴血是古巴人的血。”格瓦拉似乎忘了，在年初的行军训练中，已经有两个玻利维亚人不慎跌落在河里淹死。当时，队伍中几个国家的战士，已经出现了很大分裂。
当天傍晚，他们又打了一场伏击战，成功地打死7人、伤5人、俘虏27人，总算替“黄毛”报了仇。被俘的军官鲁文·桑切斯以为会被杀，没想到游击队竟然还拿难得的药品替他们疗伤，然后又放了他们。于是，他拿着格瓦拉亲手写的一份公告《告玻利维亚人民书》，寄到一份名为《自由新闻》的左派报纸发表。1967年5月1日，公告发表，在玻利维亚政界引起轩然大波。
死亡，距他们越来越近。玻利维亚人洛洛被毒打至死，尸体被从一架直升机上扔下来；古巴共产党中央委员、27岁的罗兰多阵亡；农民的力量一直没有调动起来。��
在格瓦拉看来，法国记者德布雷和阿根廷人布斯托斯都是客人，他想尽快把他们送走，他相信这些人一旦离境，会将他们的消息传递给古巴和国际社会，至少可以为他们赢得道义上的声援。4月17日，格瓦拉决定撇下华金率领的人马，先行一步。华金已经42岁，是游击队里最大的同志，格瓦拉非常信任他，他带的是一支弱旅，其中包括4个随时可能叛变的玻利维亚人和3个病号（穆瓦塞·格瓦拉患胆绞痛，塔妮娅和亚历山德罗发高烧），除此之外，还有秘鲁医生和9个身体健康的战士，总共17人，其中4个是古巴人。格瓦拉带着德布雷和布斯托斯出发时，对华金说他们三天后就回来。可是，他们永远没有再会合了。
由于政府军在当地严防死守，4个半月的时间里，这两支部队只能在附近不断来回兜圈子，却一直没办法联系上，他们带着步话机，可电池却已经用完。死亡，距他们越来越近。
4月19日，游击队抓到一个名叫乔治·鲁斯的人，发现他有英国和智利双重国籍。他自称是《自由之箭》记者，想写一篇关于游击队的报道，震动全世界，可游击队总怀疑他是CIA特工。德布雷提出建议，既然此人声称是记者，为了证明他的身份和诚意，他就应该把他们安全带出去。格瓦拉同意了。
这件事似乎很容易就能办成，可是4月20日，格瓦拉从收音机里听到鲁斯、德布雷和布斯托斯三人被玻国政府军逮捕的消息。事件立刻震动全世界，法国的戴高乐总统也出面调停，可这反而更加让玻国政府下定决心：一定要赶快除掉格瓦拉和他的游击队。
三人被隔离起来，分别被警察严刑拷打，德布雷最倔，受的苦也就最多，好在一个好心的军官阻拦，那群喝醉了酒的警察才没有将他活活揍死。这个军官正是曾被格瓦拉俘虏然后又被释放的鲁文·桑切斯。德布雷相信幕后指使者是美国CIA，因为在黑暗中，他多次听到有人在用英语嘀咕，获释后，他讽刺地说：“也许是CIA救了我的命，为什么要把我秘密关押两个月呢？就是为了让他们有足够的时间完成任务。”
可是阿根廷的布斯托斯却不像法国人那么顽强，不出两天他就供出了无数情报，写出了大概两万字的供词：供出游击队的领导者就是切，化名为拉蒙，报出了游击队队员的姓名和人数，塔尼娅的身份，还有武器的隐藏地点以及他们秘密通道的位置。他甚至还精确地画出了20张游击队员的头像，画像中，格瓦拉悠闲地叼着烟斗。
紧接着，CIA再下一城。就在格瓦拉将三位客人送走的第二天，玻利维亚人洛洛参加了一场战斗，不幸与同伴失散。4月27日，他受伤被捕，政府军在医院为他做手术时，一个CIA的特工来照顾他，这人其实是反卡斯特罗的古巴流亡者，却凭着诚恳的语言让洛洛相信，他是古巴派来帮助格瓦拉的。洛洛将所有事情毫不隐瞒地说给这个古巴人听，结果内容全部被暗中录音。之后，他被毒打至死，尸体被从一架直升机上扔下来，丢进丛林里。
牺牲成了常有的事。4月25日，一支60人的政府军突然冲上来，游击队只得正面迎击，罗兰多阵亡。罗兰多本名埃里塞斯·雷耶斯，只有27岁，古巴共产党中央委员，平时最喜欢看司汤达的作品。多年来，在日记中已经不再流露狂喜或狂悲的格瓦拉，那天再也无法抑制自己的痛苦，他写道：“我们失去了游击队里最好的同志，从孩提时代起我们就是伙伴，他曾是第四纵队的交通员。罗兰多的死令人心痛，我原准备让他指挥有可能建立的第二战线。”当自己的语言已经无法表达情绪时，格瓦拉引用了聂鲁达《献给玻利瓦尔的颂歌》中的诗句，“你那英勇上尉的瘦小躯体，在无垠的宇宙留下不可磨灭的形象。”
相比3月小结的基调，4月份，格瓦拉的小结已经变得很悲观：“我们已经陷入了绝境，疾病摧毁了一些同志的健康，迫使我们化整为零，大大地削弱了我们的战斗力。农民力量一直没能调动起来，不过，看来是可以通过有计划的恐怖行动，迫使大部分农民保持中立的。没有一个人参加游击队。”
饥饿、疾病、死亡、背叛，1967年8月，成为格瓦拉和他的战友们经历的“最艰难的一个月”。
没有吃的，大部分时候只能捉到什么猎物就生吞活剥给吃了，结果吃到点正常人应该吃的东西，所有游击队员的肠胃都没办法消化。5月13日，他们在一家农户找到了点猪肉和油焖笋，所有人都上吐下泻。
没有办法洗澡，连最不爱干净的格瓦拉也受不了：“我身上的臭味十英里外都能闻得到。”
更可怕的是没有药品。7月6日，他们找到了一个药房，买走了所有药品，却发现惟独没有治哮喘的药物。结果，格瓦拉只能注射当做眼药用的1%肾上腺素溶液。
越来越多的同志阵亡。6月26日，在与政府军短兵相接时，庞博腿部中弹；图马腹部中弹，不久咽下了最后一口气。图马是格瓦拉的贴身保镖，曾经真正为他出身入死。在日记里，格瓦拉痛心地写道：“我觉得好像失去了一个儿子。”7月30日，里卡多（原名塔玛约）阵亡，格瓦拉评价他“是一个最杰出的战士”。
格瓦拉几乎就要放弃，他没有药，哮喘病随时发作。脚后跟长了两个大大的水泡，战友们帮他挑破后，才可以下地走路，可又发起高烧。8月16日，这位领袖无奈地在日记里写道：“给我们驮背包的那只小骡子，竟然一下子把我掀翻在地上。”整个8月份，格瓦拉认为“是我们所经历的最艰难的一个月”。有好几天，他们没喝一口水，也没吃一点东西。
与此同时，与格瓦拉失去联系的华金分队，也在苦苦挣扎着。几名靠不住的玻利维亚人果然瞅准一个机会就开溜，华金的队伍被政府军盯得死死的，不断有人在战斗中牺牲。到了8月30日，他们一共只剩下9个人，包括仍在发高烧的塔尼娅和1个格瓦拉所说的“废人”帕科。华金来到了曾经给他们玉米的农民罗哈斯家，罗哈斯仍然热情地招待了他们，还帮忙指路。可是事实上，他已经被CIA收买，美国人许诺事成之后给他3000美元，还让他移民美国。那个曾被格瓦拉抱在腿上的小男孩，听了父亲的吩咐，溜到附近的政府军驻地告密。
第二天，游击队员准备渡河，此时他们已经被政府军包围。就在他们全部上船时，两岸的政府军猛烈开火。所有人都身中数弹。塔尼娅的尸体被河水冲走，7天之后才被人发现。只有两个人没有被打死，但还是被逮捕了，一个就是始终想叛逃但终究没走成的帕科，另一个是弗雷迪·迈姆拉医生。医生在3天后被枪决。帕科坐了3年牢，然后被释放。
值得一提的是，罗哈斯并没得到CIA允诺的3000美元，也没能移民美国。3年后，他被南美游击队打死在家门口。
“我就是切·格瓦拉！”格瓦拉最后的日记充满了田园诗歌般的宁静，面对玻利维亚政府军的枪口，他小声地介绍自己。
玻利维亚政府再度加派军队，640名玻利维亚特种部队，穿着由美国提供的迷彩服，9月25日到达格兰德河地区。政府还向每个村的村长投递通知，让他们一发现游击队就立刻向政府军报告。
9月26日，格瓦拉率领的游击队遭到伏击。米盖尔中尉和胡里欧医生中弹身亡，科科受伤，枪林弹雨中，贝尼格诺背着科科撤退，一颗子弹打进他的肩胛骨，在他身体内留了好几年。在混乱中，又有两个玻利维亚人溜走。科科因为伤势过重，很快宣告不治。现在，他们只剩下17人，其中有1个伤员，3个病号。大家几乎崩溃了，因蒂不断流泪，为了他弟弟科科的死。贝尼格诺失血过多，神智不清，而且伤口生了很多蛆。路极其难走，不断有刺扎在他们的脚上和身上。
10月6日，从阿根廷的电台广播中，格瓦拉得知，他的队伍已被几千名政府军包围。只有他还保持着镇定。第二天，一块陡峭的巨石挡住了他们的去路，大家都累得不想动弹，格瓦拉一声不响，一个人走在前面，竟然不一会儿就灵活地爬到岩顶，然后伸出手，将大家一一拉了上来。贝尼格诺说：“每当需要勇气，需要胆量，需要钢铁般的意志时，切就在我们身边。”
这一天，格瓦拉的日记竟然充满了田园诗歌般的宁静。这是他日记的最后一页，他写道：“开展游击战以来，11个月过去了。一切顺利，仿佛田园一般。一个老妇人来峡谷放羊，我们正在那里露营，只得将她关起来。我们17个人在微弱的月光下出发，行军很累，而且留下了很多痕迹。附近没有房屋，却有庄稼地，一些水渠引来小溪的清水来灌溉。”
每两个人一组，格瓦拉派了三组人出去侦察，这才发现，政府军正以扇形从四面八方冲下来。格瓦拉和其他11人留在峡谷里，躲藏在灌木丛中。庞博和乌尔诺在左翼，贝尼格诺和因蒂、达里奥则在对面山坡上。下午1点半，政府军展开一阵扫射，一颗子弹打在了格瓦拉右腿下方。
玻利维亚矿工维利搀扶着格瓦拉撤退，沿着一条狭窄的石头路向上攀登，就在上面，两个政府军用枪口对准了他们。
“上尉，我们抓住了两个！”加拉·普拉多上尉应声跑了过来，手上还拿着一本CIA和玻利维亚情报部门提供的资料。格瓦拉小声地说：“我就是切·格瓦拉！”普拉多竟然大声叫了声“教皇”，然后激动地一屁股坐在地上，“教皇”是政府军给格瓦拉起的代号。他立刻向普卡拉总部做了汇报，总部向总指挥部转达了这条消息：“我抓住了教皇和维利。教皇受了轻伤，战斗还在继续。”此刻，是10月8日下午3点。
普拉多并没有按照上级吩咐，将格瓦拉五花大绑，而是派两位士兵扶着他走。格瓦拉要求喝水、抽烟，普拉多忙不迭地照做，递给他自己的水壶，他给了格瓦拉两种烟叶，浅色的温和一点，褐色的劲儿大，格瓦拉挑了褐色的，装了满满一烟斗。
凌晨，小村子里的小学被临时改成了监狱，普拉多将士兵拿走的两块劳力士手表还给格瓦拉。格瓦拉对他说：“不用了，你留着吧，反正他们还会拿走。以后你再还给我。”他用石头在自己的手表上画了个十字，以便与图马的那块表区分开来。日后，普拉多将图马的这块表送给上司，格瓦拉的表则寄还给古巴政府。
玻利维亚政府将格瓦拉的头和双手割下，头颅送到了巴拿马的美军基地，双手则保存在内政部。
1967年10月9日清晨，19岁的小学女教师胡利亚·科尔特斯获准来教室拿教具。她对格瓦拉说了声：“您好。”
格瓦拉友善地向她点点头，问她：“你是这里的老师？”
“是的！”
格瓦拉笑了笑，指着胡利亚身后的黑板，说：“这一行西班牙文，是你写的吗？”
胡利亚害羞地点了点头。
像是个慈祥的父亲一样，格瓦拉认真地说：“你那行字里，有一个重音符号标错了。‘会’字不该标成双重音。”
在生命的最后一刻，格瓦拉仍然不忘祝福这个年轻的印第安姑娘。他是不是想起了自己的５个孩子？他一直很忙，忙到无法为他们庆祝生日。
上级用密码传来命令：“一个俘虏也不留！”据普拉多分析，政府是害怕夜长梦多，出现第二个德布雷事件，被国际社会干预。即将被枪杀前，CIA的特工拍下了三张格瓦拉的照片，照片上的这位领袖，衣着破烂，头发和胡子乱成一团，瘦得可怜，他不愿看镜头，目光阴沉。由于命令不得向格瓦拉的头和双手开枪，因为这些部分要送给美方检验。于是，刽子手对着格瓦拉的肚子开了9枪。
最后在这场战争中幸免于难的，只有三个古巴战士庞博、贝尼格诺和乌瓦诺。1968年3月7日，卡斯特罗亲自到哈瓦那机场迎接三位战士归来。
10月9日下午，一架直升机载着格瓦拉的尸体，飞到了瓦列格兰德，只有7000居民的这座小城里，突然涌来无数记者。医生在死者的主动脉上切开一个小口，注射少量甲醛，这样可以延缓尸体腐烂。两位修女清洗了切的遗体，为他梳洗了11个月来从未理过的头发和胡子。不知从什么时候起，格瓦拉原本闭着的眼睛睁开了，眼神还像原来那样澄清，嘴角似乎隐约浮现出一丝微笑。摄影记者开始抢拍传奇英雄的遗照。
英国艺术评论家约翰·伯杰发现，这些照片让人联想到了两幅名画。一幅是伦伯朗的《解剖课》，另一幅是曼特格纳的《基督之死》。《基督之死》中，基督的面庞和沉静的表情，都与格瓦拉的遗像惟妙惟肖，惟一有些不同的地方在于，基督的下半身盖着毯子，而格瓦拉则穿着解开扣子的军裤。
玻利维亚政府将格瓦拉的头和双手割下，头颅送到了巴拿马的美军基地，双手则保存在内政部。后来，玻利维亚内政部长阿格达斯千方百计弄到了格瓦拉的日记与双手，将它们带到古巴，但是人们发现，格瓦拉的尸体失踪了。
今天，格瓦拉甚至成了流行符号，人们穿着印有他头像的衣服招摇过市。觉得他长长的头发和皮靴看起来是那么时尚。
古巴举国哀悼。10月8日被定为“英雄游击队日”，全国哀悼三天。10月18日，古巴的革命广场上人山人海，人们举行了庄严的守灵活动，礼炮沉痛地发了39响，代表格瓦拉只活了短暂的39年。
科达当年随意拍下的那张切的照片，成为了革命和叛逆的象征。1968年，大学生们举着他的画像，在欧洲、在美国、在全世界举行游行示威。在巴黎，曾与格瓦拉有过一面之缘的萨特，对这位“当代最完美的人”表示敬意，而法国总统密特朗说：“作为一个法国左派，我可以这么说，切·格瓦拉的战斗就是追求自由的人的战斗。”而在当代，格瓦拉甚至成了流行符号，人们穿着印有他头像的衣服招摇过市。觉得他长长的头发和皮靴看起来是那么时尚。
1997年7月5日，奇迹出现。古巴—阿根廷联合小组在玻利维亚的瓦列格兰德，花了几个月时间，挖掘了一万平方米，终于在机场跑道附近发现了一个合葬墓坑，内有7具遗骨。几位法医认定，其中的二号遗骨就是格瓦拉的遗体，骨骸上几个弹孔的位置也与当年的验尸报告一致。7月12日格瓦拉与其他几位战士的遗体，终于重返古巴，安放在他曾经战斗过的圣克拉拉市的一座陵墓里。
全世界为之哗然。所有报纸都打出了几乎一模一样的标题：“切回来了！”虽然几乎可以称之为一个屡战屡败的人，切仍然被人们视为英雄，他狂热、正义、英勇、充满理想。法国学者福柯因此说：“他的光辉成就并不在于真正取得胜利，胜利与否实际上并不重要，而在于将现实化为符号。”