古巴革命中的格瓦拉
只能装下25个人的小船，硬生生塞进82个壮丁和大量军火补给；海水浸入甲板，大家把能扔的东西都扔掉后，才醒觉那不过是个误会；原定的航程拖延了整整两天，原先设定好的策应计划统统用不上。
……
登陆，成为一场闹剧。
浪漫的海上漂流，很快就变成了一桩惨剧。他们遇上了暴风雨，小船在海面上乱摇乱晃，几乎所有人都晕船。格瓦拉医生倒还保持了镇定，可他很快哮喘病发作，这时才发现，他根本就没有随身带上平喘的喷雾剂。
只能装下25个人的小船，硬生生塞进了82个壮丁，还有大量军火和补给，“格拉玛号”已经吃不消了，海水浸入甲板。卡斯特罗命令助手福斯蒂诺·佩雷斯用水泵抽水，结果船上的积水居然越抽越多。格瓦拉于是建议大家把能扔的东西都扔掉，然后弃船游上海岸。大伙儿按照他的建议做了，吸了一口气正准备跳海，佩雷斯这时终于觉醒，原来以为进水的那个地方根本就没问题，是一个救火用的水龙头不知为什么被打开了。可是，此时他们已经把带着的补给都扔掉了，很多人晕船症状刚刚缓解，就又面临饿肚子的痛苦。
由于船负载过重，原定五天的航程，拖延了整整两天。结果原先设定好的完美计划统统用不上。按照原有的计划，1956年11月30日这天，“七二六运动”在圣地亚哥的分部策应登陆，发动起义，不到30名战士烧毁了警察的驻地，抢走了海事警备所的枪支，巷战持续到了次日清晨。可是，面对400名闻讯赶来的正规军，他们不得不放弃攻打蒙卡达军营，留下9具尸体匆匆撤退。巴蒂斯塔确认卡斯特罗的军队将从古巴南部的奥连特省登陆，于是宣布整个奥连特省戒严，布下天罗地网，就等着活捉卡斯特罗及其部下。
12月2日清晨，在淡水和燃料都已经用尽的情况下，他们终于接近了奥连特省的尼科罗海滩。上岸时，一方面是因为他们根本没有找对登陆的地点，距离原定计划偏了两公里，另一方面也是因为他们晚到了两天，接应他们的同志不得不撤退了。
他们登陆的似乎不是个好地方。刚刚踩上陆地，他们就发现，这里好像是片烂泥地。卡斯特罗人高马大，受的折磨也就最厉害，污泥一直淹到他肚子上。格瓦拉是最后下船的，在漂泊了一星期后，这位老兄看来一点都没有回到陆地上的喜悦之情，他用惯常的语气说：“这不是登陆，倒像是一次海上遇难。”从烂泥里走了出来，紧接着他们发现眼前出现了一大片长满刺的灌木丛，饿了许久的蚊子也赶忙来欢迎他们。祸不单行，一艘巡逻艇发现了他们，立刻将消息通报给了陆上的驻军，飞机开始向他们扫射，好在他们跑到了一片茂密的红树林里，躲开了密集的子弹。
这是群完全缺乏实战经验的人，没有一个人知道如何辨认方向，格瓦拉后来在他的日记中写道：“这些战士彻底迷失了方向，不停地在丛林里兜着圈子，活像是一群受到机械控制的幽灵部队。”最后，他们好不容易走上了结实的土地，所有人都立刻躺在地上，一动都不能动。一个农民出身的战士路易斯·克雷斯波发现犯了哮喘病的格瓦拉已经奄奄一息，于是好心好意地上前，主动要为他背包，没想到格瓦拉居然对他大吼：“你不如去照顾你妈！我是来战斗的，不是让人来照顾我的。”好脾气的克雷斯波不以为意，他已经习惯了格瓦拉的说话方式，最后，他还是背起了格瓦拉的包。
面前一个是药箱，另一个是子弹箱，两样都拿他没有力气。他扛起了子弹箱。从这一刻开始，格瓦拉彻底抛弃了文质彬彬的医生身份，走上了一条战士的道路。
这天下午，清点一下人数，此时他们只剩下了74人，有8个人迷了路。佩雷斯形容了他们此时的困境：“没有房子，没有水。我们既找不到向导，也找不到庄稼，不远的地方，飞机还在扫射。菲德尔下令昼伏夜出。”
接下来的两天，他们倒是找到了当地的农民为他们带路。吃的东西，就是沿路能看见的大米和豆子，可是由于连日行军，加上他们穿着的都是新靴子，大多数人的脚都被磨烂了。12月5日清晨，几乎没有人能再走下去，他们在甘蔗地里倒头就睡。
中午时分，格瓦拉先醒来了，他立刻行使一位军医的职责，为大家包扎脚上的伤口。就在此时，突然一阵弹雨向他们射来。所有人都乱了阵脚，四处散开逃命。
一个同伴将一箱子弹扔到了格瓦拉的脚下，神色恐怖地说：“我们完蛋了，现在不是管子弹箱的时候！”格瓦拉面临一个相当现实的抉择，他的面前有两个箱子，一个是药箱，另一个是子弹箱，两样都拿，他没有力气。于是，他扛起了子弹箱，将药箱扔掉了。这是个意味深长的时刻，就从这一刻开始，格瓦拉彻底抛弃了文质彬彬的医生身份，放弃了他研究多年的过敏反应症，走上了一条战士的道路。
敌人从空中和地面对这群毫无章法的战士扫射，格瓦拉被流弹打伤了脖子和胸部。事后，他没有掩饰自己一时的惊慌失措，他写道：“我觉得胸部被打中了，脖子上也挂了彩。我就要死了。躺在地上，我对福斯蒂诺说，‘我受了重伤！’他一边举着冲锋枪射击，一边横了我一眼说，‘这点伤根本不碍事！’在他的目光中，我看到了谴责，这比我的伤还让我难过。”格瓦拉的伤确实不碍事，子弹擦着他的脖子飞过，虽然伤口很痛，但只是皮外伤。在战友阿梅伊达的率领下，他和其他四个人穿过甘蔗田，躲进了一片隐蔽的树林里，终于逃过了这一劫。5个大难不死的同志一起发誓，一定要战斗到死——他们都活了下来。
他们仍然在夜间行军，方向就全凭格瓦拉的天文知识，按照北极星朝东走，希望可以到达马埃斯特腊山。几个月后格瓦拉才在无意中发现，那颗领着他们向东走的星星压根儿就不是北极星。行军中他们的粮食，就是海滩边上的螃蟹，由于不能生火，大家只能生吃螃蟹肉，所有人都口干舌燥。在月光下，他们发现了一个渔夫的小茅棚，进去一看，里面竟然是三个同志。大家喜极而泣，拥抱在一起。
8个人又累又渴，已经没有力气再走下去，只好绝望地去敲一户农民的大门。这个农民友好地接待了他们，第二天又把这群战士介绍给了其他农民，当地人纷纷拿出自家最好的美食来招待战士们。虚弱的肠胃一下子遭遇到这么多美味佳肴，立刻就出了问题，8个人全部上吐下泻，连站起来的力气都没有了。好在农民告诉他们卡斯特罗还活着，战士们又重新振奋了起来。格瓦拉此时要做的第一件事，是给家人写信报平安，他写道：“我很好，用了两条命，还剩５条命。我还忙着同样的事，会不时地写信。记住，上帝是阿根廷人。”这封信似乎很费解，可他的父母立刻就明白了儿子的意思，在布宜诺斯艾利斯的谚语中，猫有7条命，这就是说，格瓦拉暗示他经过了两次危险，但都挺了过来，上帝始终眷顾他。
12月21日，格瓦拉等人终于来到了蒙戈·佩雷斯的农庄，在这里与卡斯特罗他们会合。
最后清点人数，“格拉玛号”登陆以来，82个人中，有50人阵亡，另有20人被俘后遭军队杀害，只有12人活了下来。阵亡者中，包括了格瓦拉最好的朋友尼科。卡斯特罗决定转入马埃斯特腊山，在那里展开游击斗争，格瓦拉后来在他的《游击战》中，形象地将游击战解释为“打了就跑。等待、窥探，再打了就跑。这种退却、不正面作战的特点，都来自于游击战的总战略，而最终的目的，都是要赢得胜利，消灭敌人”。
格瓦拉第一次打中了敌人，他看到一个士兵藏在茅屋里，第一枪没打中，第二枪正中他的胸膛。“一个游击队员，最大的快乐就是战斗，这是生活的最高层次。”
游击队在山里的地狱溪附近安营扎寨，虽然敌人就在后面紧追不舍，他们还是获得了一丝喘息之机。就在这时，出了个让人惊出一身冷汗的事故。格瓦拉在前几次的战争中得到了一个小小的战利品—— 一顶巴蒂斯塔军队里一个下士的帽子，帽子很好看，他“无比骄傲地将帽子戴在头上”。结果，他的战友卡米洛以为敌军已经追了上来，毫不犹豫地向“敌人”开枪。好在他的自动步枪竟然卡了壳，否则，格瓦拉就要死在他好朋友的枪口底下了。从此，格瓦拉再也不敢胡闹。
格瓦拉从不掩饰他对战斗的渴望。3年前，当他在危地马拉遇到轰炸时，就已经显示出了无比的兴奋，而今置身战争，他竟然感觉到一种狂喜，战争于他，似乎有种感官上的刺激。在写给父亲的信中，他说：“我们大家都等待战斗，就像等待解放一样。在这个热血沸腾的时刻，即便是神经坚如钢铁的人，都感觉到膝盖上轻微的战栗。一个游击队员，最大的快乐就是战斗，这是生活的最高层次。”这一点，卡斯特罗也看得很明白，他说，“作为一个游击队员，切有阿克琉斯的天分，他争强好胜，蔑视危险。”
战斗终于打响了。1957年1月22日中午，敌人靠近了他们。格瓦拉第一次打中了敌人，他看到一个士兵藏在茅屋里，“第一枪没打中，第二枪正中他的胸膛。”他兴奋地跳了起来，抢走了对方的弹药和一枝美制步枪。这一战打得很成功，敌方死了5个人，游击队员这一边却毫发无损。
骗过《纽约时报》记者，卡斯特罗的讲话和他优哉游哉抽着雪茄的照片传遍世界，再一次点燃了古巴人民的希望。
巴蒂斯塔政府妄想采取愚民政策，自“格拉玛号”登陆那一刻起，政府就宣布“叛徒”已全军覆没，几乎没有人知道游击队的存在。卡斯特罗深感宣传的重要性，于是联络“七二六运动”的地下负责人，请他们找一位西方记者来采访，这个人，最好是美国人。
此时，57岁的《纽约时报》记者赫伯特·马修斯刚巧在哈瓦那度假，得知这个消息，老记者觉得异常兴奋，他说：“我想让那些年轻人看看，一个57岁的老头子还能抢新闻。”他与妻子装作是想要在古巴买土地的美国商人，顺利通过关卡。2月17日，他采访了卡斯特罗。
卡斯特罗一边猛抽着雪茄，一面对马修斯炫耀自己的兵力。事实上他手下一共只有12个人，可是他却告诉美国人，他的部队人数众多，有20到41个小队，分散在深山中作战，而政府军还在不断投诚。为了制造出他实力强大的假象，他派人拿来一大捆古巴比索（每捆值4000美元），同时让一个机灵点的战士扮演传令兵，由他不时跑进来汇报各个分队的战况。而劳尔·卡斯特罗则率领着同一拨兄弟，每隔一段时间就在卡斯特罗和美国人面前表演一次正步走。结果，曾经采访过西班牙内战的马修斯竟然完全被这帮人给骗了，他相信82名“格拉玛号”上的战士都平安登陆，而且有越来越多的人加入游击队，他连续采写了好几篇关于游击队的报道，在文章开头他热情洋溢地写道：“领导古巴青年的菲德尔·卡斯特罗还活着！他正在马埃斯特腊山的要塞中，英勇地战斗着！”
马修斯并不能完全看清游击队的核心思想，他写道：“卡斯特罗声称这起革命行动是社会主义行动。同时，它还是民族主义斗争，矛头直指美国。他们的意图模糊不清，可是无论如何，这都是一次古巴的新尝试，本质上是激进的、民主的、反共产主义的。他们要求推翻巴蒂斯塔总统的独裁统治，建立民主、自由，实现社会公正，同时要改写宪法，建立普选制度。”而卡斯特罗则叫马修斯放心，他说：“你必须明确一点，我们对美国和美国人民没有任何敌意，我们只想建立一个民主的古巴。”格瓦拉没有参加采访，10年后，马修斯才突然反应过来，当时卡斯特罗身边确实有个老是在嘀咕着什么的战士。可是，他看起来那么年轻，他一点也没有意识到，这个人将在古巴革命中起到如此重要的作用。
从卡斯特罗的话可以看出，他与格瓦拉在思想上有很大的分歧。直到1960年，卡斯特罗仍然表示他并不支持“社会主义”，而格瓦拉则是“七二六运动”中，对政治思考得最多的人。他在与墨西哥的一位医生朋友大卫·米特拉尼的谈话中表示，他希望将古巴改造成社会主义国家，而卡斯特罗并不支持。
无论如何，卡斯特罗的讲话和他优哉游哉抽着雪茄的照片，再一次点燃了古巴人民的希望，而巴蒂斯塔政府则感到脸上无光，他们关于卡斯特罗及其军队已被全部消灭的声明就刊登在卡斯特罗的照片旁边。
大家都非常崇拜这个来自遥远国度的硬汉。格瓦拉被敌人打中了左脚踝骨，子弹挖出来后的几个星期，格瓦拉像个孩子一样，将这粒子弹挂在脖子上。
到了7月，这支队伍已经拥有了200来号人马。人数太多，不利于保持灵活性，卡斯特罗对军队进行了整编，第一纵队由卡斯特罗管理，其余75人则交给了格瓦拉。为了迷惑敌人，格瓦拉这支人马对外宣称为第四纵队。不过，格瓦拉自己打趣地说，他们这班人拿的武器、穿的衣服都是五花八门，不如叫他们“农民盲流”。格瓦拉本人的军衔也水涨船高，现在，他是少校了。
格瓦拉天真地承认，他对这个称号非常开心。他刚刚29岁，在游击队里，他是较早得到这种最高军阶的人物。而且，他不再是军医，而是实实在在的少校了。他在日记中写道：“在我们中间，谁还没有小小的虚荣呢？我接过了一颗小星，这是我荣升的标志，甚至还有一块手表呢。”从这时起，格瓦拉成为一个真正的领袖。之前，他是有些拈花惹草的毛病，打游击时，还和一个当地的女孩来往过好一阵子；可是现在，他开始选择做一个严于律己的苦行僧。因为他相信，惟有如此，他才能令自己的手下信服。
格瓦拉把这支纵队分成三个小分队，一面带领他们战斗，一面向他们进行政治教育。很快，格瓦拉的权威在纵队中树立了起来，大家都非常崇拜这个来自遥远国度的硬汉——他竟然能在哮喘病发作时坚持扛着子弹箱进行战斗！而社会主义的基本知识也在这群“农民盲流”中得到普及。他在自己的纵队里建立了一个“尖刀连”，专门执行最危险的任务，格瓦拉发现，他的士兵们很快就显露出了难得的战斗精神。他在日记中写道：“‘尖刀连’是革命精神的典范，只有经过精心筛选的志愿者才能加入。每当‘尖刀连’有人死去——这是每场战役不能避免的事情，我们就会找到新的人选。这时我会发现，那些没有选上的人表现得非常痛苦，有些孩子甚至会失声痛哭。看到这些高贵的勇士们流下绝望的眼泪，我的心里真是百感交集。”
人们对格瓦拉又敬又畏，因为有时候他甚至可以用“残忍”来形容。站稳脚跟后，他们发现眼下必须清除当地的一些土匪。有一次，他们生擒了当地的土匪头子，这个人无恶不作，和他一起被抓到的，还有强暴妇女的三个农民。他把土匪头子枪毙了，却给其他三个人留下一条小命。但是，格瓦拉下令将他们的眼睛蒙上，来一次假处决。“朝天开了三枪后，他们发现自己居然还活着，其中一个人向我跑过来，跪在我面前亲了我一口，好像我是他爸爸一样。”记者圣乔治·安德鲁把这一幕写在了《观点》（Look）杂志上，还因此得了奖。
1957年12月的一场战斗中，格瓦拉被敌人打中了左脚踝骨。后来，在拉梅萨小学的课桌上，马恰迪托大夫用一把剃须刀，将他踝骨上的子弹挖了出来。马恰迪托后来成了政府的卫生部长。接下来的几个星期，像一个孩子一样，格瓦拉将这粒子弹挂在脖子上。
古巴解放了。卡斯特罗不能让一个外国人第一个进入哈瓦那。于是，1959年1月2日，哈瓦那人卡米洛，兵不血刃第一个走进哈瓦那；而格瓦拉却驻扎在几个钟头路程以外的卡瓦尼亚堡，接受政府军的投降。
他还忙里偷闲谈起了恋爱，阿莱伊达·马奇成为格瓦拉的第二任妻子。
1958年2月，卡斯特罗发动了全新攻势：破坏糖厂、炼油厂、烟厂、公共设施和铁路，他的口号是，“有巴蒂斯塔就没有收成，有收成就没有巴蒂斯塔。”到8月底，“七二六运动”共破坏了古巴200万吨的糖产。
美国的态度值得玩味。总的思想当然是控制事态发展，只有这样才能确保商业利益。可是华盛顿内部的分歧却很大，国防部和美国驻古巴的军队，与反共机构BRAC合作，想要继续支持巴蒂斯塔政权，摧毁游击队。与此同时，国务院和CIA却认为，让巴蒂斯塔彻底滚蛋才是控制局势的最有效方法。也正因为如此，种种证据表明，在1957至1958年间，CIA暗地里向“七二六运动”提供了大笔资金。到了1958年3月，美国停止向巴蒂斯塔供应武器，政府军已经到了崩溃边缘。
4月，卡斯特罗号召工人起义；26日，总罢工开始。这是一次彻底失败的行动，具体领导罢工的福斯蒂诺·佩雷斯并没有动员一切反对派的力量，甚至没有在各处张贴告示，告知大家罢工的具体时间。结果到了预定时间，只有一些家庭主妇在电台里听到了这个消息。少数几支支持罢工的游行队伍被镇压在血泊中，150余人被杀，100多人被捕。
巴蒂斯塔以为卡斯特罗就快不行了，加派1万余兵力以及飞机、大炮、舰艇，决定将山区里的280个游击队员一举歼灭。这场热战没有像巴蒂斯塔想像中那样轻而易举地结束，战斗持续了76天，游击队熟悉地形，打了就跑，诱敌深入，政府军被歼灭1000余人，还送给游击队600多件武器，其中包括一辆坦克和20门大炮。到了8月底，政府军将游击队的交通道路全部破坏，格瓦拉和他的游击队只有打着赤脚，在泥地上艰难行走。10月2日，格瓦拉的日记这样写道，“我们已经三天没有吃饭，也没有睡觉了。完全是在靠意志坚持着。坚持不住了就在泥地里偶尔打个盹。”格瓦拉的哮喘病又发作了，可他仍然最后一个睡、第一个醒来，夜里还不时地出去巡视。
9月初，格瓦拉和当初差点误杀了他的老友卡米洛会师。两队人马，一共230个战士，被格瓦拉用尽了各种方法，逼着往前挪动脚步。10月16日，他们终于赶到拉斯·维拉斯省的埃斯冈布拉伊山，这里激流很多，陡峭的山脉刚好适合打伏击战，政府军不敢深入敌后，格瓦拉终于有了点空间，他在这里建立弹药厂，又进行了一次土地改革，同时开办军校培养新兵。
他还忙里偷闲谈起了恋爱，他遇见了阿莱伊达·马奇，她又年轻又漂亮，长着一头金发。更重要的是，她与格瓦拉在思想上完全一致，她本人也参加了“七二六运动”。后来，她成为格瓦拉的第二任妻子。
12月21日，首战告捷，游击队攻下了卡瓦甘和瓜亚约的两处军营。在卡瓦甘，格瓦拉少校跳上一个小楼的屋顶指挥作战，不料被一根电视天线绊倒，滚了下去，摔在一个花盆上。他右眉弓被撕裂，左手腕脱臼，军医将他的左手前臂打上绷带，再用一块黑布吊了起来，倒让他看起来更潇洒。
12月27日，格瓦拉和他的部下解放了8000平方公里土地和50万人民。他们现在的主要目标是圣克拉拉，古巴第二大城市。这里驻扎了3200名士兵，并配备了坦克和大炮。而格瓦拉与同伴卡米洛率领的队伍，加在一起才只有360人。仔细研究地图后，格瓦拉发现可以走一条小路潜入城中。28日凌晨，战斗开始，到了第五天，也就是1959年元旦，守军指挥官逃走了。收音机里传来更震撼人心的消息：巴蒂斯塔在例行的元旦晚宴上，胡乱吃了点饭，便向在场的人士宣布，现在事态已经超出了他的控制，他要离开古巴。随后，他携带巨款和家人登机逃往圣多明哥，而后流亡美国。夜里12点半，最后一批守军投降。凌晨两点，格瓦拉和卡米洛向哈瓦那挺进。
1月2日，临时政府总统乌鲁希在圣地亚哥宣誓就职，卡斯特罗的大学老师米罗·卡迪纳担任总理，卡斯特罗被任命为古巴武装部队总司令。
此时，卡斯特罗玩了一点花招，他不能让一个外国人第一个进入哈瓦那，他一再表示，应由“卡米洛的纵队当先头部队，首先攻占哈瓦那”。于是，1959年1月2日，在哈瓦那土生土长的卡米洛，兵不血刃地第一个走进哈瓦那。而格瓦拉却驻扎在几个钟头路程以外的卡瓦尼亚堡，接受政府军的投降。
工业部长阁下
“我是格瓦拉司令。”很多昔日的游击队员，包括卡斯特罗本人，都已经搬到了哈瓦那的希尔顿酒店居住，可他却坚持住在卡瓦尼亚堡阴冷潮湿的房间里。
战争结束了，卡斯特罗并没有重用自己的亲弟弟劳尔和格瓦拉，因为这两人的共产主义倾向表现得太明显。于是，他派弟弟担任奥伦特省省长，而格瓦拉留在卡瓦尼亚堡当司令。
格瓦拉仍然怀着极大的热忱做每一件工作。1月13日，他在卡瓦尼亚堡发起了学文化运动，让那些习惯举着枪杆子的军人拾起纸笔，学习古巴历史、地理、经济和政治。他仍然保持着打仗时的生活习惯，每天很晚才睡觉，当其他游击战士已经被哈瓦那这个花花世界迷惑时，他仍然保持着最朴素甚至清苦的作风。他总算剪掉了长发，但还是不愿整理好胡子。他穿上了一身干净的军服，口袋却总是鼓鼓囊囊，里面塞满了乱七八糟的东西，像是笔记本、铅笔、香烟，还有治疗哮喘的喷雾剂。来访的人总会惊奇地发现，这个面容严肃的人说话竟然带着浓厚的阿根廷口音，而且，他的声音那么小，让人感觉他的身体糟糕极了。很多人发现格瓦拉难以接近。一次，电视记者皮内利采访格瓦拉，随口说：“那么，切……”格瓦拉立刻打断了记者的提问：“对于你来说，我是格瓦拉司令，切是留给我的战友和朋友叫的。”
卡瓦尼亚堡被改建为军事监狱，而格瓦拉成为最严厉的检察长，负责清除巴蒂斯塔时代的战争罪犯。他要对付的，主要是在专政时期利用刑讯逼供和暗杀对付老百姓的政客和警察。有多少人在这一时期，被控反革命，遭到军事法庭或特别军事法庭处决，人们很难下一个定论，不过一般认为，人数应该在600人左右。格瓦拉相信，这完全不是滥杀无辜，对于很多殴打或者虐待犯人的警察，他们都没有进行处理，遭到处决的那些人，往往都是屠杀了上百人的凶手。他很坦然：“革命的公正是真正的公正，不是怨恨，也不发泄不满，既然判了死刑，就要依法执行。”绝大多数古巴老百姓支持处决战争罪犯的行动，可是美国人却很不安，他们形容往日美丽的哈瓦那已经血流成河，而格瓦拉就是那个心狠手辣的杀人魔王。
很多昔日的游击队员，包括卡斯特罗本人，都已经搬到了哈瓦那的希尔顿酒店居住，可格瓦拉却坚持住在卡瓦尼亚堡阴冷潮湿的房间里。他的哮喘病不断反复发作，医生又发现他身上还有一个结核病灶，他只好同意去塔拉拉海滩的一个别墅里疗养，离这里不远的地方，就是小渔港科希马尔，当年海明威就是在那里写出了《老人与海》。
生活稍稍安定了一点，1月9日，格瓦拉突然接到消息，他的父母和家人将要来看他。在机场见到了已经阔别6年的父母和弟妹时，格瓦拉激动得大哭，哮喘病再次发作。他这才知道，这是他老友卡米洛的杰作，他瞒着格瓦拉，包了架飞机，将他的家人接到古巴。
父亲发现儿子变得如此陌生：“他很瘦，变黑了。以前他说话很快，滔滔不绝，现在却说得很慢很少，而且声音低沉。但他的眼神却没变，还是那样锐利，又有点嘲讽的意思。”父亲劝他该继续行医，他笑着说：“你和我同名同姓，干脆你冒名顶替，替我当这个医生好了。”过了些时日，父亲旧话重提，他很严肃地答道：“我的医学知识已经生疏了，现在，我只是建立政府的一名战士。我不知道将来我会做什么，甚至不知道我的尸骨将埋在哪里。”格瓦拉对他家人的态度也像对待同志一样严肃，卡米洛替他们在希尔顿饭店留了房间，没住几天，格瓦拉便让家人搬去与自己同住。有一天，父亲突发奇想，想去儿子打游击的地方看看，儿子表示当然可以，但他们得自己出汽油钱，这件事也就慢慢搁置下来。
一家团聚了，格瓦拉想起了他还有妻子、有女儿，那个他唤作“我的小印第安姑娘”的女孩。他离开墨西哥的时候，她还不会走路呢，现在，女儿该有两岁大了吧。1月21日，伊尔达·加德亚带着女儿来到哈瓦那。事实上，1958年，伊尔达曾经写信给格瓦拉，表示愿意与丈夫一起战斗，可格瓦拉置之不理。
夫妻相见，格瓦拉坦言，他已经爱上了别的女人，在打游击时认识的金发女孩阿莱伊达。伊尔达悲痛欲绝，可是又颇感欣慰，因为在她哭泣时，格瓦拉叹道：“我还不如在打仗时被人打死。”5月22日，格瓦拉与伊尔达离婚。6月2日，在卡斯特罗的建议下，格瓦拉与阿莱伊达结婚，阿莱伊达不仅担负起了照顾小伊尔达的任务，还在接下来的6年里生下4个子女。在婚礼上，人们发现，原来格瓦拉笑起来像个孩子一样，在结婚时的一张照片上，人们看到，阿莱伊达说了个笑话，格瓦拉和新婚妻子竟然笑弯了腰，从客厅手拉着手跑出去，就像一对两小无猜的玩伴在做游戏。
10月，劳尔出任国防部长，格瓦拉莫名其妙地成为国家银行总裁。这真是一个天大的误会。
1959年2月7日，格瓦拉被授予“古巴公民权”的身份，此举是必要的，作为人民军司令和卡斯特罗的亲信，他必须是古巴人。
格瓦拉竭力想要影响卡斯特罗的政治倾向，但卡斯特罗并不为之所动。1959年4月，卡斯特罗受到美国数家媒体的邀请出访美国，在华盛顿他见到了很多美国政要，其中就有副总统尼克松。卡斯特罗一直谨慎地表示，古巴不会采取任何伤害美国利益的事情，甚至说，他的心“在西方”。结果会谈结束时，CIA关于拉美共产主义的“专家”总结说：“卡斯特罗不是个共产主义者，相反，他有强烈的反共倾向。”尼克松则发现他仍然很难掌握卡斯特罗的思路，他困惑地下结论说：“卡斯特罗这个人，要么就是对共产主义一无所知，要么就是严格遵守了共产主义的清规戒律。我们应该依情况行事。”
格瓦拉不同，1月初刚进入哈瓦那时，一个记者问他是不是共产党人，他就坦率地回答说：“我是个共产党，但是，我不是古巴社会人民党员。”
就连赫鲁晓夫也对新生的古巴充满疑惑，他还编了个笑话，当时颇为流行：
“有一天，上帝召见古巴领导人，上帝开始问，‘谁是共产党人？出列向前走三步。’
“格瓦拉第一个出列，向前走三步。接着是劳尔·卡斯特罗。再没有人出列了。
“于是上帝对菲德尔·卡斯特罗大叫，‘喂，你不是共产党员吗？为什么不出列？’
“卡斯特罗看看上帝，委屈地叫起来，‘上帝啊，我什么时候变成共产党了？我根本就不是啊。’”
在古巴，多项改革都在格瓦拉的建议中展开。1959年5月7日，卡斯特罗开始履行1958年10月在马埃斯特腊山签署的《土地改革法》，法令禁止庄园存在，任何地主不得把土地扩展到400公顷以上，超过部分由政府征收。为了避免地主将土地化整为零，又规定大规模农场面积同时不得小于27公顷，可是，某些特定的项目可以保持1350公顷土地。如此，古巴政府将217万公顷土地分配给了10万户农民。
土改不可避免地威胁到了美国利益，政府没收了美国联合果品公司的3.6万公顷土地，大批自由派和温和派政客纷纷请辞。乌鲁希总统也因为反对如此激进的土地改革，而被愤怒的民众包围，匆匆躲进委内瑞拉大使馆避难。卡斯特罗扶持法律部长多尔钱戈斯担任古巴总统，其实，他已经成为古巴真正的领袖。
对外，卡斯特罗仍然表示他的这一系列举措都不是共产主义，而是“人道主义，古巴既不要右的专制，也不要左的专制，现在进行的是人道主义革命”。可是格瓦拉却不同意，他宣称，这场土改就是“反对帝国主义的正义战争。土地改革剥夺的是那些强占别人土地的人，而强占得最多的，是国家部门中的权贵，或美国政府中的人”。
10月，劳尔出任国防部长，格瓦拉莫名其妙地成为国家银行总裁。这真是一个天大的误会。有一次开会时，卡斯特罗问大家，谁是搞经济的？格瓦拉立刻将手举得高高的。没有犹豫，卡斯特罗立刻就任命格瓦拉担任国家银行总裁这一要职。散会时，卡斯特罗这才将格瓦拉叫过来，问他，“你什么时候成经济学家（Economista）了？”格瓦拉纳闷道:“什么？我当时听你明明说的是共产主义者（Communista）!”就因为这两个单词发音如此相近，格瓦拉司令摇身一变，成了格瓦拉总裁。
没有人比格瓦拉更好学。他每天上午8点出门，下班后与真正的经济学家们讨论，一直研究到凌晨两三点，车上放了几本书，供他恶补经济学知识。虽然成为银行家，他还是不改军队里的作风，在办公室放了张行军床，整天穿一套军装，头上戴着贝蕾帽，腰间别着手枪，只有去洗手间时才会把手枪暂时解下来。要发行新钞票了，钞票正面印着古巴民族英雄的肖像，背面则是游击队员们的图像，格瓦拉大笔一挥，在钞票上签下了“Che”——他第一次体会到当银行家的乐趣。
也就在这段时期，他的好友卡米洛失踪了。在打游击时，他是格瓦拉的生死至交，战后，只有他想到格瓦拉已经6年没有见到自己的亲人，设法将他的家人接到哈瓦那。10月26日，他与飞行员两人乘小飞机回哈瓦那，结果连人带机失踪。军队搜索了20天，依然一无所获。这对格瓦拉是个巨大的打击，在《游击战》中，他写了一大段长长的题词纪念卡米洛，“他是跟我一同打过上百次仗的战友，他本来应该读我的这本书，提很多意见。卡米洛为人忠诚，是谁杀死了他？是敌人把他杀死了。”这个没有指名道姓的敌人究竟是谁？多年后，有人说，杀死卡米洛的就是卡斯特罗兄弟。因为此时卡米洛的影响甚至有超过卡斯特罗的可能，军方不愿意让劳尔出任国防部长，认为卡米洛更有资格。格瓦拉将小儿子取名为卡米洛，纪念他最好的朋友。
格瓦拉进一步实施他的政策。巴蒂斯塔时代的4亿美元外汇，此时只剩下了4800万美元，全部以黄金的形式存在美国银行，格瓦拉一上任，就把这些黄金全要了回来。随后将160余家美国企业和古巴民族资本收归国有。他上任的第二天，就把古巴首富朱利·罗伯叫到办公室。这个富翁还是个支持“七二六运动”的“红色资本家”，格瓦拉对他说：明天就要宣布‘国有化’了，事先跟你打个招呼。像你这样的人，要么留下来和我们一起干，要么就趁早滚蛋。第二天，罗伯就直飞迈阿密，在西班牙度过余生。
科达的照片中，格瓦拉头发散乱、目光阴沉深邃，仿佛有火花在燃烧，这张革命者的圣像，几乎成为反叛、革命的同义词，在全世界广为传播。
1960年2月，卡斯特罗邀请欧洲文化界人士来古巴访问，其中包括萨特和波伏娃、毕加索、布雷东等人。此时萨特已经55岁，他不仅仅是“存在主义之父”，还是个对革命充满好奇的人，先后走访了苏联、中国等地。
给萨特印象最深的，就是国家银行总裁先生，他接见客人的时间很奇怪，定在半夜。他这样形容与格瓦拉两三个小时的会面，“格瓦拉是一个有很高文化修养的人，他的每句话后面，都蕴含着很广博的知识。”
3月4日，萨特目睹了法国军火船“库波号”在哈瓦那港被炸的一幕。人们在那一刻都猜想，这肯定是美国人搞的鬼，这样他们就可以顺理成章地借口古巴搞恐怖主义，对古巴进行制裁。爆炸后，格瓦拉奋不顾身地要上船抢救军火，被人拉下来后，他和卡斯特罗等人站在革命广场的阳台上，向大家发表演讲。
当时一个名不见经传的摄影记者，用他的老式相机拍下了卡斯特罗和他身边的人。突然，他的镜头扫到了格瓦拉，他回忆说：“当他出现在我的镜头时，看到他怒火冲天的样子，我有些害怕。我好像条件反射一样按下快门，然后又照了一张，不过还是第一张最好。”照片中，格瓦拉头发散乱、目光阴沉深邃，仿佛有火花在燃烧，这张革命者的圣像，几乎成为反叛、革命的同义词，在全世界广为传播。
美国越来越意识到，自己眼皮底下的这个敌人，也许比他们想像中要更强大。1960年8月8日出版的《时代》杂志，封面人物就是格瓦拉，《时代》称“卡斯特罗是当代古巴的心脏和灵魂；劳尔·卡斯特罗是革命的拳头，格瓦拉则是大脑。他是古巴向左转的主要负责人。”文章还特别强调革命者的另一个特质，“格瓦拉是最有吸引力，也最危险的人物。他的脸上浮着忧郁而又温柔的微笑，不少女人觉得心都被他勾走了，切冷静而又精明地掌握着古巴的方向。他能力非凡，智慧超群，有敏锐的幽默感。”
猪湾事件中，切又举起冲锋枪。然而，古巴不可避免地受到美国孤立。国内经济开始出现衰落迹象。
一年多来，CIA一直在招募古巴流亡分子，将他们拼凑成“古巴革命委员会”，同时又在中美洲各国召集古巴雇佣兵。除了明攻，CIA还有暗招，他们计划将粉末状的铊盐撒在卡斯特罗的靴子上，这样可以使他全身瘙痒，毛发掉光。
1961年1月，肯尼迪就任美国第36任总统，他原本对古巴革命持同情态度，而且痛恨战争，可是在CIA和参谋长联席会议的压力下，他才不得不批准此次“冥王星行动”，美国人选择在猪湾登陆。
CIA分批将流亡的古巴人送回埃斯坎布拉伊山区，还不断空投宣传传单。格瓦拉发现他原先建立的游击基地，如今竟然成为美国人策反的前线，勃然大怒。他立刻与卡斯特罗兄弟部署了战斗计划，他负责保卫猪湾西部海岸，劳尔负责东部。
4月17日凌晨3点，卡斯特罗接到敌人入侵的电话报告，战斗有条不紊地开始。他们第一天就把入侵者赶回海边，格瓦拉手持冲锋枪上阵，他们的任务是活捉俘虏，事件中，他们一共俘虏了1214人，全部被押解至哈瓦那。直到1962年12月底，美国才最终同意用价值53万美元的药品和食物换回这批俘虏。
古巴不可避免地受到美国的孤立，国内经济开始出现衰落迹象。1961年2月，格瓦拉这个半路出家的“经济学家”又接受了一项新任务，成为工业部部长。上任伊始，他就宣布，“我们下一个五年计划就是在古巴实行工业化。”对于古巴，这是一项异常艰巨的任务，古巴至少有23.6%的文盲，农民和劳工缺乏起码的技术知识，而大部分拥有专业技术的人却无法接受社会主义的意识形态，“非我族类”。此外，古巴几乎没有电力，没有最起码的基础设施，要想按格瓦拉的设想，在五年内实现工业化，完全是天方夜谭。
好在格瓦拉并没有眼睛一味朝天，他在掌握了大量统计数据和资料后承认，他的经济计划定得太高，可能需要15年甚至更长时间才能逐渐达到目标。他认为，现在的首要目标将是提高全民知识水平，必须一边教育，一边提高生产力。他宣布1961年是“教育年”，动员全民扫除文盲，把古巴建设成一个“摆脱文盲困扰的国度”，27万“扫盲教师”中一半是未满18岁的中学生，他们兴奋地下乡扫盲。
卡斯特罗在内忧外患下，终于渐渐向格瓦拉妥协。1961年劳动节时，他正式向几十万民众宣布古巴的社会主义性质，同时重申一点，没必要再纠缠选举总统的事情，因为“革命不值得在这些愚蠢的事情上面浪费时间”。民众以近似癫狂的欢呼表示对卡斯特罗的支持，几十万人一起在街头大叫：“革命——好！选举——不要！”
12月1日，卡斯特罗又在电视中宣布，早在1953年，他本人就已经笃信马克思主义，但尚未理解其中的精髓，夺取政权后，世界范围内帝国主义和殖民主义的统治使他进一步对马克思主义的正确性深信不疑。古巴只有走苏联式的社会主义道路，大约在30年内，古巴将进入共产主义。
“我认识许多领导人，但只有两个人给我的印象最深，这两人是切和周恩来。他们的身上都有一种内在的力量，他们都有坚定不移的信念，都有风趣幽默的性格。从切的眼神里，我常常可以看到温柔与孤独。”
曾经最蔑视金钱的格瓦拉，现在身兼二职，既是工业部部长，又是国家银行总裁，做的都是与金钱最息息相关的行当。可是在他身上，仍然找不到一丝官僚与腐败的痕迹。他拒绝领银行总裁的1000元工资，只拿工业部长的200元薪水——这是他这个级别的领导中，拿到的最低月薪。
此时，古巴已经显露出官僚主义的苗头，很多领导的专车、办公室和家里都装上了当时在古巴还相当罕见的冷气，这让格瓦拉很不舒服。他认为领导大人们坐在装了冷气的办公室里，将大门关上，会自然而然割断与人民的联系。他自己的办公室里就完全没有这些豪华设施，由于害怕犯哮喘病，他总是不让人打开办公室的窗户。偏偏古巴的天气又潮湿炎热，哮喘病发作时，格瓦拉就将上衣脱掉，坐在冰冷的地上工作，甚至就这样接待客人。
格瓦拉也是同样这样严格地要求家人，他再三叮嘱妻子阿莱伊达，不许她乘公务车去市场买东西。6年来，阿莱伊达几乎一直在怀孕，可每次去检查，都只能自己步行去医院。1962年3月，古巴开始实行部分日用品配给制，格瓦拉本来是一个几乎不着家的人，一次无意中，他发现他们家里的食物，竟然高出了应有的级别，他顿时惶恐不安，坚决要查出事情的缘由。后来发现是一个下属自作主张，偷偷将一些蛋、奶油和肉食送到他们家，结果切重罚了这个“自作聪明的家伙”。
他完全不讲究吃，什么时候饿得受不了了，就胡乱弄点东西下肚。被格瓦拉特意请来为工业部领导讲授经济知识的拉韦涅就曾开玩笑地说：“我们什么都不怕，就怕切请客，那简直是一场灾难，只有米饭和面糊糊，连调味品都没有，他倒能吃得津津有味。”一些人于是将格瓦拉与耶稣相提并论，只是，格瓦拉显得更有人情味，虽然有些严厉，可他从来不把自己当成什么领导。下属博雷戈回忆说：“有一次，我弄到了一辆崭新的美洲豹小汽车。它原来的主人是烟草联合企业的老板，他本人从古巴逃走了，车也就不要了。我觉得这辆车开起来特别帅，就这么开了一星期时间。结果被切发现了，他对我大叫说：‘这是拉皮条的人开的车，我们是为人民工作的人，怎么能开这种车！给你两小时，赶紧从这辆车上给我滚下来！’我立刻下了车，结果他又让人给我送了辆雪佛莱，车型跟他的一模一样。这种车在古巴也就是中档车吧。之后我开了它整整10年。”
格瓦拉像机器一样，几乎不眠不休地工作着，在工业部一次全体大会上，他就说过，他从没上过一次夜总会，没看过一场电影，没去过一次海滩，几乎没有睡过一次好觉。他自我解嘲说，比起在座的很多人，他其实是个土包子，“我不知道人民如何生活，我只知道数字、符号、图表。”即便如此，古巴的情况还是一团糟。为了摆脱被美国操纵经济的命运，古巴开始大规模减少砂糖产量，一半的甘蔗田被烧毁，改建炼油、炼钢、发电、水泥这些重工业。格瓦拉坚持实行严格的中央集权制，每个企业都在政府计划下进行生产，结果便是各行各业各自为政，繁文缛节多得令人窒息。1963年的一项调查报告显示，有些农场进行一项生产计划，需要经过20多个行政部门的批准。
1961年8月5日，乌拉圭的埃斯特角举行“争取进步联盟大会”。格瓦拉代表古巴出席大会，他没有想到，在机场时他竟然受到了那么多人的热烈欢迎，可是由于当时哮喘病发作，他只是向大家挥了挥手，便匆匆离去。
在会上，美国代表向拉美各国开出支票，每年提供10亿美元，另外还有望以私人名义投资10亿美元，可谓是“项庄舞剑，意在沛公”。格瓦拉看出其用心，立刻忘记自己还在生病，站起来滔滔不绝地做了两个小时发言，他说：“这次大会是政治性的会议，因为大会的宗旨就是反对古巴在美洲大陆所树立的榜样。”他声明，“如果美国要侵略古巴，哈瓦那的男女老少必定会奋起抵抗‘扬基佬’。”结果大会以11票对9票，否决了孤立古巴的提案。
格瓦拉的出现，令乌拉圭的进步人士兴奋不已，他在这个邻国的地位，竟然如同一个最耀眼的明星，各大报章都不断在显要位置刊登他的照片，报告他每一天的行程和讲话。8月17日，格瓦拉来到蒙德维迪亚大学演讲，结果狂热的大学生高喊“古巴万岁”，他的出现甚至引发左右两派学生混战，一位教授不幸中弹，当场身亡。
8月17日晚上，格瓦拉还会见了智利未来的总统阿连德，两人在一起吃了顿简单的晚餐。格瓦拉跟他虽然见面次数不多，却是心意相通的好友，见面时格瓦拉打趣说：“我们待会儿得分头走，万一有人要使些下三滥的暗杀把戏，我们还不至于死在一起。”阿连德回忆说：“我认识许多领导人，但只有两个人给我的印象最深，这两人是切和周恩来。他们的身上都有一种内在的力量，他们都有坚定不移的信念，都有风趣幽默的性格。每当我与切交谈，还未等他开口，我已经知道他要说什么。从他的眼神里，我常常可以看到温柔与孤独。”
卡斯特罗始终不肯承认，在这次导弹事件中，古巴终究还是赢家，至少他们得到了美国的保证，可以在一段时间内全心全意投入经济建设。
格瓦拉倒是一直与苏联人有接触，可惜，他始终对他们没什么好印象。1960年11月，他第一次访问苏联，一再请苏联领导人帮助古巴建立炼钢厂，这是他们工业化最迫切需要的基础工业。可是赫鲁晓夫却一味搪塞，借口古巴没有煤炭、生铁，也没有技术人员，再说炼出来钢铁，在古巴也没什么用。格瓦拉解释说，技术人员可以训练出来，生铁、煤炭可以从墨西哥进口，可是赫鲁晓夫含糊其辞，最后还是没有答应。这件事令他对苏联人怀有戒心。一次他去苏联一位官员家里做客，那位官员拿出从法国进口的最上等瓷器餐具来招待格瓦拉，结果，整整一顿饭，格瓦拉的脸上都挂着冷笑。吃罢饭，他转身对主人说：“真是讽刺，我这个土包子怎么配使用这么高级的餐具？”
与官员家中的豪华派场形成鲜明对比的，是苏联老百姓的生活环境。在格瓦拉看来，莫斯科这地方还没哈瓦那先进。一次他哮喘病犯得很厉害，只好在家休息，他的朋友帕迪拉来看他，准备跟他讲述自己出访苏联的感受。格瓦拉生硬地打断了他，说：“老兄，咱们说点别的吧。我早就知道了，苏联那地方是个狗窝，不用你说，我亲眼看见了。”
苏联人同样不喜欢古巴。赫鲁晓夫说过，古巴那群人都是些疯子，居然敢在美国人眼皮底下玩火，搞不好就会触发世界大战。因此，他始终安排眼线去古巴，不时汇报这群疯子的动态。克格勃出身的亚历山大·阿历克谢夫被赫鲁晓夫以记者的身份派往哈瓦那，不久出任大使馆一等秘书。
1962年5月，亚历山大·阿历克谢夫被召回国，被通知说即将派他出任驻古巴大使。5月底，赫鲁晓夫召见他，在场的还有国防部长马林诺夫斯基和米高扬等人。赫鲁晓夫问他：“阿历克谢夫同志，为了拯救古巴革命，我们准备把导弹运到古巴去，你认为如何，卡斯特罗会不会接受？”阿历克谢夫吓了一跳，立刻就回答说，这种想法不大现实，以他对古巴的了解，卡斯特罗的革命就是为了摆脱外国的控制，他们已经把美国军事顾问给赶跑了，怎么可能还会接受苏联的导弹保护？听后，赫鲁晓夫很是不爽，马林诺夫斯基立刻将阿历克谢夫狠狠骂了一通。
阿历克谢夫不得不带着苏联“农业代表团”到哈瓦那赴任，代表团里有一个农业工程师，其实是苏联的导弹司令。谈判竟然进行得极其顺利，格瓦拉表示，只要是为了捍卫古巴独立，任何代价都不在乎。
8月27日，格瓦拉前去莫斯科进行进一步会谈，苏联提出要全面控制在古巴的导弹部队、军港和机场。格瓦拉坚决反对，强调双方合作的前提是古巴独立自主，导弹基地必须受古巴武装部队的指挥，同时要求将条约进一步公开。赫鲁晓夫勃然大怒，指着格瓦拉的鼻子说：“格瓦拉同志，你的名字‘Che’在我们亚美尼亚语中，就是‘不’的意思。好吧，切，请你走吧。我们之间的合作一笔勾销，责任完全在你！”
格瓦拉不紧不慢地收拾文件，拿起公文包转身就要走人。米高扬急忙上前拉住他。这次会谈，官方并没有出任何公报。9月6日，格瓦拉回到哈瓦那时，苏联的导弹已经开始在古巴的土地上部署。
一切都逃不过美国人的眼睛。10月14日，美国的安德森少校驾驶U-2侦察机，拍回了一组照片。照片清楚地显示出，古巴的圣安德鲁斯已经安装了苏联的导弹发射装置，这里刚好位于佛罗里达对面。导弹似乎尚未安装核弹头，但美国人紧张地意识到，核弹头可以随时安装上去。
肯尼迪权衡了数日，照会了北约和美洲国家组织后，10月22日，他在电视上宣布了自以为最合适的对策：全面封锁，禁止一切载有攻击性军事装备的船只靠近古巴。他向国民解释说，古巴拥有如此大规模的攻击性武器，已经成为一个可怕的战略基地，这将给所有美洲人的安全构成极大威胁。英国和法国站在了美国一边，敦促苏联尽快将导弹和部队撤出古巴，很多人认为核战争已经一触即发。
格瓦拉的第一反应，是准备打仗。10月22日晚上，在得知美国的孤立政策后，他立刻赶回工业部自己的办公室，摘下挂在墙上的药袋，背上装满子弹的冲锋枪，匆匆跳上吉普车，赶往距导弹基地最近的瓜内镇。随后，他挑选了6000名士兵，要他们自行解决武器和交通工具，准时开赴战场。10月27日，美国人的一架U-2侦察机被击落，飞行员就是发现古巴导弹装置的安德森。
关于这架侦察机是由谁击落的，到现在还众说纷纭。有人认为是苏联的地对空导弹击落的，也有人相信是格瓦拉击落的。甚至还有一种更传奇的说法，说是那天卡斯特罗前去基地，看到雷达上正在显示侦察机飞越古巴领空的航线，他于是问旁边的人：“导弹怎么才能把飞机打下来？”有人就指了指导弹发射按钮。于是卡斯特罗下意识地按下按钮，大家还没反应过来，导弹已经将侦察机准确无误地击落。
在古巴已经进入战斗状态的时候，苏联人还在与美国谈判。10月26日，赫鲁晓夫提出和解条件：美国人保证绝不侵犯古巴，那么苏联就在联合国观察员的监督下，把导弹撤走。10月28日，美苏双方正式达成妥协。
卡斯特罗和格瓦拉认为苏联老大哥背信弃义，一心想要发动核战争的卡斯特罗从广播中听到这一消息后，气得一拳把房间里的镜子打碎，还砸烂了自己的一副眼镜。格瓦拉则立刻下令切断与苏联部队联络的电话线。
卡斯特罗坚决拒绝联合国稽查小组到古巴，倒霉的米高扬奉命前去安抚古巴人。卡斯特罗拒绝见米高扬，让他等了整整10天，结果连妻子去世都没办法赶回去见最后一面。卡斯特罗始终不肯承认，在这次导弹事件中，古巴还是赢家。客观地说，他们因此而得到了美国的保证，可以在一段时间内全心全意投入经济建设。
“零度点”训练基地，集结了来自委内瑞拉、尼加拉瓜、秘鲁等国的青年战士，格瓦拉是这里的负责人，他不仅向战士们传授战争知识，讲授游击战战术，更向年轻人讲解马克思主义。
受古巴影响，南美的革命形势如暗潮般涌动。1961年10月，格瓦拉的危地马拉同志胡里奥·卡西莱斯悄悄离开古巴，回到家乡继续打游击。临走时，格瓦拉向卡西莱斯传授自己的经验，总结为三个要诀：经常转移、绝对怀疑、持久警惕。经常转移：游击战的要义就在于绝不能在同一个地点停留超过两夜，要不断从一个地方转移到另一个地方；绝对怀疑：不能小觑斗争的复杂性，不要相信身边的任何人，除非已经牢牢控制了一个解放区；持久警惕：不能在屋子里睡觉，以免被敌人包围，昼伏夜出，加强巡逻。可惜，在1962年3月，格瓦拉就听到了卡西莱斯阵亡的噩耗。
无论如何，革命的种子已经在危地马拉生根发芽。3月至4月，人民的反政府运动风起云涌，大学及中学停课，首都交通瘫痪，革命行动联合会将各种革命力量组织在一起。当年12月，游击队成立了一支统一的起义军。拉丁美洲游击战的序幕渐渐展开。这正是格瓦拉所期待的，他相信南美各国本身就是血脉相连的兄弟，此时应该展开“洲际革命”，以此来打破美国的统治，各国通过武装斗争获得真正的独立自主。
离哈瓦那不远处，出现了一个叫“零度点”的神秘训练基地。这里集结了来自委内瑞拉、尼加拉瓜、秘鲁等各国的青年战士，分成36个营区接受分批训练，而格瓦拉正是这里的负责人。他不仅向战士们传授战争知识，讲授游击战战术，更向年轻人讲解马克思主义。有趣的是，格瓦拉前妻伊尔达的弟弟里卡多也在其中，高中毕业后，他来到哈瓦那读经济学，参加过击退猪湾侵略者的战斗。
古巴导弹危机过去半年，卡斯特罗的气终于消下去了。1963年4月26日，卡斯特罗前往莫斯科，赫鲁晓夫颁发给他一面金星列宁勋章，而且以极其热情的语言歌颂卡斯特罗，“普罗米修斯把永恒之火传给了人类。你，为了自由而战的勇士，把十月革命的圣火传到了西半球。”除此之外，赫鲁晓夫还给了卡斯特罗相当实惠的好处：苏联政府保证向古巴提供1500辆拖拉机和3500辆收割机，而且答应以国际市场上的最高价收购古巴砂糖。
卡斯特罗已经忘记当年他是如何咒骂苏联人的了。回国后，他重新将甘蔗种植放在第一位，这样，格瓦拉领导的工业部将不再是国家的关键部门。格瓦拉非常不赞同卡斯特罗这种极端近视的做法，私下里他对人抱怨说，一个农业的古巴，一个再次成为“世界糖王”的古巴，将可能会导致社会主义的覆灭。古巴付出了沉重的代价，才取得了今天难能可贵的自由，如果将经济命脉交到苏联手上，成了“苏联的女儿”，那与当年将“宗主权”交给美国又有什么分别？
在南美革命这一问题上，格瓦拉与卡斯特罗的意见也出现了严重分歧。卡斯特罗并不十分热衷于继续搞革命，在他看来，也许“零度点”训练基地存在的惟一价值就是牵制美国人。1964年7月，在接受《纽约时报》记者理查德·埃德尔采访时，他就公开表示：只要美国停止敌视古巴，古巴就会终止援助拉美的革命运动。
格瓦拉的意见则截然不同。1963年委内瑞拉政府发现了一批苏联和捷克制武器，后来查实是由古巴提供的。所有人都相信，这些武器就是由格瓦拉帮助运到委内瑞拉的，格瓦拉也没有否认。他还在几次会议中不断强调：美洲各国人民解放的道路，都必须经历枪林弹雨的考验，古巴革命已经树立了典范，各国必将沿着古巴的道路前进。在格瓦拉看来，帮助拉美进行武装斗争，这已经是他现在惟一能做的事了，他在古巴的价值已经不再重要。在给儿时好友格拉纳多的信中，他表现得相当苦闷，说：“我整天只能坐在办公室里批公文，其他人却在为他们的理想出生入死。我根本就不想当部长，也不想这样庸庸碌碌虚度年华。”可是他的言行，无疑让卡斯特罗在外交上相当被动，一些同志发现，这时卡斯特罗和格瓦拉已经很少私下谈心，格瓦拉偶尔去卡斯特罗的办公室，出来时脸色也总是阴沉沉的。
在古巴国内，格瓦拉露面次数已经变得非常少，即使偶尔露个脸，也不再说话。可当他出现在国际社会时，说话的语气却越来越激进——这也许正是他决心离开古巴的一个兆头。
1964年12月，格瓦拉出现在联合国第19次大会上，当其他国家的领导人都穿着西服时，他却一身橄榄绿军装，还始终衔着粗粗的古巴雪茄，再一次引起全世界媒体的关注。在会上，格瓦拉从容不迫地发言，他谈到了老挝、越南和中南美洲受美帝国主义压迫的情况，呼吁各大军事集团尽快停止制造和实验核武器，进行全面裁军。最后，他再次要求美国停止对古巴的经济封锁，停止对古巴的破坏行动。
就在他讲话时，一小群古巴难民在联合国大厦门口示威，一个女示威者想把古巴国旗扯下来，结果被格瓦拉的保镖拦住。事后她承认身上藏了把刀子，想要刺杀格瓦拉，格瓦拉倒觉得这件事很好笑，他打趣说：“死在女人的刀下，总比死在男人的枪下好。”
出乎人们意料的是，在纽约期间，格瓦拉竟然参加了一个资本家的家宴。洛克菲勒在格瓦拉来美国时，为他举办了一个接风宴会。后来人们分析，之所以格瓦拉会接受洛克菲勒的宴请，也许是因为洛克菲勒本人相当具有叛逆精神，毕竟在20世纪60年代，反叛是更高级的时尚。为了让自己看起来不那么格格不入，格瓦拉甚至脱下了军装，穿上了一套熨烫得服服帖帖的麻质衣服。宾主都非常渴望见到这位传奇人物，可是当格瓦拉真的出现在他们面前，气氛却一下子变得很僵硬。大家都不知道该说些什么，又害怕自己说的东西会受到格瓦拉无情的讽刺和抨击。可是格瓦拉本人却显得相当镇定自若，甚至入乡随俗地喝了好几杯红酒——格瓦拉始终没有改变他的饮食习惯，他喝不惯古巴人酿的朗姆酒，一直热爱家乡的红酒和马黛茶。
格瓦拉有一架可以任凭他差遣的飞机。12月中旬，刚刚参加完联合国大会，他就风尘仆仆地前往非洲、中国等各地访问。
第一站是阿尔及利亚，总统本·贝拉是格瓦拉的热心拥护者。他们之间的沟通几乎没有任何障碍，既可以说法语也可以说西班牙语，因为本·贝拉的出生地曾受到西班牙势力入侵。本·贝拉将首都阿尔及尔的一座花园别墅提供给古巴，让这里成为拉美和非洲解放运动的秘密训练基地。
从12月25日起，在古巴驻阿尔及利亚大使塞尔格拉的陪同下，格瓦拉开始访问独立不久的非洲七国，先到达马里、刚果（金），又到几内亚，接着是加纳、达荷美（现在的贝宁）。可是在1965年1月25日，他却突然中断访问，返回阿尔及尔，接着立刻飞抵巴黎。
巴黎是格瓦拉最喜欢的城市之一，在这里，他暂时忘却了自己的革命工作。两天里，他闲散地出没于塞纳河左岸，买了一大堆书。他还是像往常一样穿着土黄色大衣，戴着贝蕾帽，嘴上还叼着雪茄。结果，这个奇装异服的人立刻就引来了巴黎市民的注意，一些人对他大叫：“老兄，真有你的，竟然打扮得跟格瓦拉一个样子！”
1965年2月初，格瓦拉突然去了中国，这是他第二次来中国。与他同行的还有古巴建设部长奥斯马尼（好友卡米洛的哥哥）以及社会革命爱国联盟秘书阿拉贡。他们与邓小平和刘少奇进行了会谈，可是毛泽东这一次并没有见他们——中苏关系紧张，古巴在公开场合是站在苏联一边的。对于自己为什么要转个弯去中国，格瓦拉的解释听来有些空洞：“中国之行是一次闪电式的旅行，目的是和中国共产党交换一系列意见，为了研究发展我们互相帮助的方式方法，我们谈了各自的意见和看法。”人们分析说，格瓦拉此行的目的是要斡旋中苏关系，他始终认为中苏之间关系紧张不是件小事，这意味着反对帝国主义的力量遭到削弱。
访华结束后，格瓦拉再次去巴黎，仔细参观了卢浮宫，然后折返非洲的坦桑尼亚和刚果。坦桑尼亚之行给他很深的印象，在日记中他写道：“访问特别有教育意义。一大批争取自由的战士留驻在这里，他们大多数住在舒适的酒店里，把他们的遭遇变成了一种真正的职业，一种有时有油水，而且几乎总是很顺利的营生。他们个个都叫喊着要去古巴接受军事训练，让我们给点资助，这简直成了他们的口头禅。”显然，对这群黑人兄弟，格瓦拉的印象并不是太好。
一路走下去，同伴们发现，格瓦拉的表情越来越凝重，他显然有心事。2月24日，他再次来到阿尔及尔，出席亚非团结组织经济讨论会，会议上格瓦拉的情绪甚至有些失控。他公开表达了他对苏联及其他东欧社会主义国家的不满，因为这些国家援助了阿尔及利亚后，居然立刻开出发票，让阿尔及利亚赶紧支付。他的声音比平时高了几度：“社会主义国家在某种程度上充当了帝国主义剥削者的帮凶。他们有道德上的义务，与他们的西方剥削国家划清彼此心照不宣的同谋关系。
”作为穷国反对富国的代表，格瓦拉提出了一个“全新的国际关系”概念：首先，公平转让知识和技术（“放弃现行的专利许可做法，让不发达国家得到发达国家的技术”）；其次，尊重各国文化，前来援助的工程技术人员应该为人师表，尊重环境、语言和风俗习惯的差异（这一点，格瓦拉特别要表扬中国，因为中国来古巴的技术人员甚至不要工资）；最后，重开债务谈判，再次审查压在穷国头上的外债。
也许连格瓦拉本人都没有想到，他会在这次大会上抛出这些言论。他更加无法估计这次演讲产生的影响，在当时的社会主义世界，还没有谁这样评价他们的苏联老大哥。他的演讲稿甚至开始在巴黎的左派大学生中间迅速传播。
就在他做这个演讲的当天，妻子阿莱伊达生下了他们的第四个孩子，这是个男孩子，秉承他们家的起名传统，这个孩子就以父亲的名字“埃内斯托”命名。